程懷根大約在二零一六年六月被劫持到樂山嘉州監獄九監區,七月份被送到成都警察醫院,十一月份回到嘉州監獄九監區,當時身體還沒有康復。
當時九監區主要由犯人許鈞(許軍)當大組長代警察管理服刑人員,許鈞幾次找程懷根談話要求程懷根轉化,程懷根不同意,白天晚上都被罰站,兩個包夾人員看守,晚上兩個人不睡覺看守。之後,教育科副科長(九監區教導員) 邵凌幾次找程懷根談話要求轉化,被他拒絕。
大約二零一七年四月,獄警劉國強搞嚴管組,將不守紀律的犯人和不轉化法輪功學員合成一個嚴管組,叫四個犯人輪班換著給嚴管組人員喊口令,強迫嚴管組的人不停的在操場上走齊步或跑步,夏天再熱中午也不休息,整天使人不停的消磨體力。每天三頓飯只給二十秒鐘的吃飯時間,統稱「吃秒飯」:吃飯快的人能吞下兩口飯,一般都只能吞下一口飯。一般犯人晚上回房間可以吃零食,雖然可以吃零食,但是一個星期體重也要掉下去幾斤。不轉化的法輪功學員晚上回房間,有兩個人看著不准吃零食。一般人沒有經歷過極度的飢餓痛苦和極強度的體力走步跑步,體會不到體力跟不上的痛苦難受、難忍,和精神上受到的屈辱,二零一五年有一個年輕犯人無法忍受這種精神與肉體的痛苦折磨在操場上碰牆而死。
程懷根不轉化,被嚴管一個月後已經消瘦了很多。他出現病情後,每天由因經濟案被判刑的犯人宋文高(瀘州一個醫院院長)給他發藥每天三次,每次必須由兩個包夾人員看守,當著犯人宋文高的面當場吞下藥。犯人許鈞當兵回家後在社會上掙錢經歷的人和事比較多,做事給自己留餘地,所以在每十天監獄食堂改善伙食那天,他都讓嚴管組人員回到桌子上吃兩頓飽飯。
警察邵凌看到嚴管一個月後程懷根和其他幾個法輪功學員還沒有轉化,認為許鈞不盡力,把許鈞換去執夜班;換上峨眉山市的銀行擔保公司經濟犯人張衡。邵凌很費心每隔三、四天就要把張衡叫到一邊單獨談話四、五十分鐘,教他轉化法輪功學員的所謂「經驗」與邪惡手段。
張衡當上大組長後很賣力,新送到九監區的法輪功學員都被他夥同幾個犯人黑打,恐嚇、罰站、不准上廁所等等手段轉化。張衡把程懷根調換到他住的監室,換掉包夾程懷根的四個犯人。監獄大約二十天左右來一批犯人,來一批犯人,張衡就把包夾程懷根的四個犯人換掉,不讓包夾人員知道他過多轉化手段,不讓任何人靠近或與程懷根說話。張衡取消許鈞讓嚴管組人員十天回到桌子上吃兩頓飽飯善舉。
其實監獄的警察和知道內情的人都知道,嚴管組是為轉化法輪功學員而成立的,一般犯人進嚴管組後幾天或一個星期或最多兩個星期就換下來了,他們是為轉化體罰法輪功學員而掩蓋他人耳目的。法輪功學員不轉化就不讓出嚴管組。
被嚴管體罰兩個月後,程懷根已經骨瘦如柴,皮包骨頭。程懷根被嚴管體罰近三個月了,那天邵凌和年輕的林獄警拿著高壓電棍叫張衡挑選四個年輕力壯犯人,把程懷根弄到底層樓梯間無攝像頭處,叫程懷根在犯人宋義寫好的三書上簽字,程懷根也不簽字,四個年輕力壯犯人按住他強迫簽字,還說是他自願寫的。程懷根不承認自己在三書上簽字,又被嚴管體罰十多天。
大約十多天後,程懷根被分下到生產監區四天死亡。按照監獄教育科規定的被轉化的法輪功學員需要一個月以上的思想教育「穩定」後才能分下到生產監區,程懷根為甚麼被匆忙分下到生產監區呢?這與邵凌參與迫害的經歷和監獄對邵凌的重點培養是分不開的。監獄歷年來多次派邵凌到全國各地轉化率高的監獄學習轉化的經驗和手段,加之他這十多年的轉化法輪功學員的經驗,所以他非常清楚每天進食不到50克的程懷根經歷90多天的強體力體罰,身體某些器官已經出問題,為此給他服藥,匆忙分下到生產監區是為了推脫罪責,逃脫追責。
監獄的警察都知道只要是四川省的哪一個地方送法輪功學員到嘉州監獄來,邵凌當時沒值班,他都會馬上到監獄來接收法輪功學員。而且他會通過當地610將法輪功學員的家庭成員了解的一清二楚,只要他上班,如果來接見法輪功學員的家屬是煉法輪功的,就會被他叫去訓話恐嚇,他不滿意的,不配合他的就不讓你接見法輪功學員。
樂山嘉州監獄是四川省集中迫害男性法輪功學員的邪惡黑窩,極其瘋狂殘暴,根據明慧網報導不完全統計,這裏迫害致死的法輪功學員至少26人,還有一位法輪功學員的家屬也被迫害致死。有的死於監獄;有的生命垂危,回家不久去世。