陳至立因與江澤民的特殊關係升任中共的教育部長(一九九八年~二零零三年)後,在中國整個教育界指揮進行了對法輪功的迫害。她多次在各種會議上指示,實施對法輪功的迫害政策,強迫老師和學生們觀看誹謗、攻擊法輪功的影片,並像文化大革命時一樣,要求所有的學生和老師說出自己對法輪功的看法。
陳至立甚至下令將攻擊、誣蔑法輪功的內容寫進了教科書和考試題中,並指使各級學校中掀起反對法輪功的百萬人簽名活動。陳至立還剝奪了修煉法輪功的教師的授課權,對學生除籍、禁止升學、不准許畢業,並把他們送進洗腦班、勞教所、精神病院監禁起來。
陳至立在任期間,至少有六十一名教育界的法輪功修煉者被迫害致死,一九九九年起,僅在清華大學就有三百名以上的教授、教師、博士、碩士、大學生被非法關押,開除工職,學籍,或直接送入勞教所。
同時,陳至立還以文化交流的名義,向世界各地以巨額無償經濟援助為誘餌,要求他們支持中共迫害法輪功的政策。她還向中國駐海外的使領館的教育負責人施加壓力,要求他們進行大量攻擊法輪功的各種活動。
陳至立於二零零四年七月十四日至十九日訪問坦桑尼亞期間,因涉嫌酷刑迫害、虐殺法輪功學員而被國際人權律師起訴到坦桑尼亞法院。同年七月十九日,陳至立被坦桑尼亞法院傳喚。二零零四年十一月在韓國訪問期間,她被韓國法輪大法學員以唆使、協助進行群體滅絕、特殊暴行、妨礙業務等罪名起訴到首爾中央地方檢察廳。