對於大陸媒體報導重慶市奉節縣「法輪功」地下組織藉赴台探親機會,與台灣法輪功人士接觸「勾結」,甚至發表「海峽時評:為X教張目不利兩岸關係發展」,陳明通回應媒體詢問時指出,法輪功在台灣是合法登記的研究學會,政府尊重人民結社自由。陳明通表示,只要是依法登記的社團、在合法規範內活動,政府就應依法保障社團活動的自由,至於大陸媒體翻去年舊案大作文章,陳明通不願多做評論,僅表示不清楚這起事件,也不知道「勾結」之說從何而來。