在台灣,朝野人士都聽聞過法輪功學員在中國大陸受到的待遇,但第一個站出來聲援法輪功信徒的,就是呂秀蓮。在二○○○年十二月間一場由台灣法輪功研究會在中正紀念堂舉辦的燭光晚會上,呂秀蓮公開與會並發表談話。
今年三月間,呂秀蓮出席在匈牙利舉行的國際自由聯盟年會並以「自由主義與柔性國力」為題發表專題演說時提到,「當北京領導人擔心法輪功成員是否會威脅到國家安全之際,台灣人民卻能自由選擇宗教信仰而不需擔心」。呂秀蓮希望宗教權利及政治自由能夠獲得正視,尊重各社會團體之間的差異。在那場演說中,呂秀蓮獲得與會的四百多位國際友人熱烈回應。
幾個月後,呂秀蓮在總統府接見來台進行慈善音樂會表演的英國聖貝氏爵士樂團,當賓主話題由音樂談到台灣這幾年在民主自由、保障人權方面的成果時,呂秀蓮又一次對法輪功學員在大陸的遭遇表達同情。她說,宗教不見容於共產主義,不僅法輪功被禁止在大陸活動,連帶地也波及到香港,這種違反人權的現象值得世人留意。
今年六月間,呂秀蓮應邀參加「海外華人休閒產業投資研討會」開幕典禮。在致詞活動結束後,答覆現場媒體記者詢問有關「六四」周年感想時,呂秀蓮再一次表達對法輪功信徒在大陸處境的關心。她說,希望中國大陸能朝民主自由制度發展,然而從有關法輪功的處理或對民運人士審判上,可看出中共在人權方面仍未有改善。
呂秀蓮關懷法輪功學員在大陸的處境。副總統辦公室詮釋,是因她深信人權是普世價值,站在人權的立場,關心法輪功在大陸遭受的不人道待遇。呂秀蓮也認為,從法輪功學員在兩岸受到的不同對待也得證:「台灣是個民主自由的社會,不是大陸所能比擬的。」