1999年7月19日，秦三鳳去上訪被抓，被關在石景山體育館一天，無吃無喝，連上廁所都不讓。晚上11點多被送到海澱區大鐘寺派出所，又被無理在那關押了三天。

2000年7月20日，她上天安門證實法又被抓，被關在北京市密雲拘留所一星期後被湘潭市駐京辦事處關押了五天，回到湘潭市又被拘留了15天，後又被關押在學校的留學生樓，還給她辦學習班（洗腦班）十天，白天4人看管，晚上一人看守。

2000年11月，秦三鳳散發真象傳單被抓，在看守所被非法關押了近一個月。

2001年元月，秦三鳳被非法判勞教1年半，因體檢不合要求，又被送回拘留所，在那裏她又被關押4個月，在此期間她還被開除了黨籍。

到2001年4月她回校這段時間連續18個月，只發給了她200元生活費。平時還有人暗中盯梢，監視她的行動。

秦三鳳共被抄家6次，抄去大法書十幾本，磁帶4盒。