過了不久，吉爾伽美什提議遠征盛產雪松之地，為烏魯克人民運回建城所需的木材。但是，恩基杜知道那兒有怪獸「胡姆巴巴」守衛著，此一任務相當危險艱鉅，因此婉拒吉爾伽美什：
「胡姆巴巴，
它的聲音是颶風，
它的嘴巴是火燄，
它的吐氣是死亡。
你為甚麼要這麼做？
胡姆巴巴的威力不可阻擋。」
然而吉爾伽美什卻豪氣萬千地回答：
「即使我戰死，
卻名聲猶存！
人們會說：
吉爾伽美什是死在強大的胡姆巴巴手下。」
恩基杜聽完好友的話，決定同他一起去胡姆巴巴居住的山區。兩位英雄經過一番苦戰，終於殺死怪獸，得到了珍貴的雪松。
吉爾伽美什的人品轉變，並完成了偉大英勇的事功，使得女神伊什塔爾愛上了他：
「來吧，
親愛的吉爾伽美什，
我要以你為夫。
求你把愛賜給我，
我們夫妻相親相愛。
我要給你造一輛寶車，
用黃金為輪，
以瑪瑙作軾。
我要命雄獅為你拖車，
我要用異香洒滿你的居所……
所有沿海的國家將聽你管轄，
世上所有君王將俯伏在你腳下，
世人將以堆積如山的珍寶奉獻給你。」
但吉爾伽美什卻拒絕女神的求愛。伊什塔爾惱羞成怒，她說服大神安努（Anu），派了一頭最兇猛的神牛下去撲殺吉爾伽美什。這神牛口吐烈燄，一口氣就能燒死千人。不料吉爾伽美什有恩基杜的協助，兩人居然合力殺死了神牛。
女神見到吉爾伽美什安然無恙，忍不住大怒。此時，恩基杜冷不防地將一塊獸腿丟到她的臉上。眾人看了忍不住放聲大笑。但侮辱女神之罪，是眾神所不能容忍的。伊什塔爾施放一種惡毒的疾病，恩基杜立刻病倒死亡。
吉爾伽美什見到恩基杜死去，撫屍大哭。他愛他的朋友甚於世間任何人。隆重地安葬恩基杜之後，他立下誓願要讓他復活。他開始思考：「死」是甚麼？人能不能不死？世間有無人能知道永生的要訣？最後，他認為要獲得這些答案，只有去找尋他的祖先「夏瑪什．那皮什提姆（Shamash-Napishtim）」，因為他是洪水之後唯一逃過死亡的人。
吉爾伽美什決定即使走遍天涯海角，也要見到夏瑪什．那皮什提姆。他聽說夏瑪什就住在山的另一頭。但要翻過這座山，則必須經過一道有兩位巨人看守的關卡。這兩位巨人，頭頂著天，腳沒入地，任何人都不可能通過。
吉爾伽美什見了巨人，把他救友的決心向他們陳述。沒想到巨人們同情吉爾伽美什，輕易地讓他過關。不過這道關卡非常奇特，從這頭到那頭之間，是一條長不見底的墜道，膽小的人根本不敢進入。但吉爾伽美什卻不管這些。
當他在黑暗中摸索前進，走出了墜道，然而在眼前的卻是一片汪洋無際的大海。掌管海的女神名為「莎比圖（Sabitu）」，她說夏瑪什．那皮什提姆所住的樂園在海的另一邊。於是吉爾伽美什請求莎比圖：「請渡我過去吧。你知道，如果我的朋友不能復生，那麼我也只有一死！」海洋女神受到感動，於是派船送他渡海。
經過了四十天的風浪，最後他終於到達海上樂園，見到了夏瑪什．那皮什提姆。吉爾伽美什說：「我的老祖宗，請你告訴我脫離死亡的秘密，我要救我的朋友恩基杜。」夏瑪什．那皮什提姆則回答說道：
「從來就沒有永恆之物，
沉睡和死亡一樣，
難道不是死亡的另一種形式？
只有眾神才能定生死，
絕不讓人知道死期。」
吉爾伽美什反駁，他和夏瑪什．那皮什提姆沒有差別，為何對方可以長生不老，而他們卻得面對死亡的威脅？夏瑪什．那皮什提姆就向他說了一個故事：
在遠古時代，世界之初，處於一種混沌的狀態，它的名字叫做提亞瑪特（Tiamat）。這時，恩利爾（Enlil）出現了。當提亞瑪特張開大口要吞食他時，他投了一顆藥丸在它口中，使得提亞瑪特的肚子膨脹。恩利爾一槍投去，正中提亞瑪特的肚子，產生了一股巨大的爆炸。接著，恩利爾便將提亞瑪特剖成兩半，一半放在頭上，於是就化成天；一半踏在腳下，於是就化為地。恩利爾成了征服混沌與開創天地的主神。恩利爾又混著自己的血液，從泥土創造了男人和女人，使他們侍奉眾神的生活。
後來，人類惱怒了眾神，於是神發洪水摧毀人類及其所造的所有事物。不過智慧女神艾亞（Ea）不忍心令人類完全滅絕，她命令夏瑪什．那皮什提姆製造方舟，待洪水來臨時與其妻子躲入其中。當滔滔洪水淹沒大地，所有地面上的一切生命毀滅之時，諸神竟開始後悔：「沒有了人類，我們如何能夠得到祭祀的饗宴？」
經過了十幾天，洪水消退，夏瑪什．那皮什提姆的方舟停在尼西爾山頂上，他放出鴿子，同時將帶在方舟內的東西拿出來向神獻祭，感謝保全他與妻子的性命。諸神聞到祭品，都驚奇且感激不已。他們紛紛過來享受祭品，並決定讓夏瑪什．那皮什提姆長生不老。
夏瑪什．那皮什提姆講完大洪水的故事後，便問吉爾伽美什：「哪位神祇能為你做這種事情呢？」他勸吉爾伽美什放棄尋求長生不老的幻想，老老實實地回到家鄉去。
不過，吉爾伽美什仍不斷地糾纏他，請求他指點出其它的方法。最後，夏瑪什．那皮什提姆告訴吉爾伽美什，在大海的深處有一種仙草，雖不能令人長生不老，但也可使人返老還童，青春永駐。
吉爾伽美什離開樂園之島，克服重重困難，終於找到了仙草。他歡天喜地地踏上歸途，打算與家鄉父老共同分享。由於長途跋涉，他路經一條河流，吉爾伽美什便下河洗澡，以解除身上的疲憊。他將全身衣物行李放在岸上。想不到一條狡猾的蛇竟偷偷地將仙草吃了。從此，蛇每年蛻皮後都能恢復青春，人類卻因此無法返老還童，註定要衰老死亡。
吉爾伽美什費盡千辛萬苦得來的仙草被偷吃，頓時號啕大哭：
「我的手為誰辛苦？
我的心為誰滴血？」
他只有失魂落魄地回到烏魯克城。他進入神廟，請求諸神讓他的朋友生還片刻，因為他還有許多話要告訴他。諸神見到吉爾伽美什的虔誠，便應了他的願，讓恩基杜復活了。
這兩位生死之交終於再度相見，他們的喜悅之情難以形容。在暢談之中，吉爾伽美什問：「死是甚麼情況？」
恩基杜回答：「那種情況不能說。如果我將所見所聞告訴你，你會立刻嚇昏過去。」
「有這樣可怕嗎？我倒要聽聽。」
恩基杜只好歷述亡者到地獄之後的慘狀……
以上是《吉爾伽美什史詩》的概要。
（全文結束）