二零零九年八月十七日，孫玉芹與同村法輪功學員去紅旗鎮講真相，被紅旗派出所鞠春波、王國軍等幾名警察綁架。警察把孫玉芹關在紅旗派出所的一個房間裏，拿來一張紙，讓孫在上面簽字，孫玉芹要看內容是甚麼，其中一個姓張的惡警隨即踢了她一腳，讓她趕快簽字。孫玉芹向警察講真相，希望他們能多了解法輪功。警察不但不聽，還無理智的對孫玉芹拳打腳踢，不一會，孫玉芹被打得動不了了。孫玉芹向警察喊：「我要回家，你們是非法的，而且是執法犯法！」其中一個警察瞪了孫玉芹一眼，說只要簽字就放人。孫玉芹沒有配合他們，警察便去孫玉芹家，讓孫玉芹不識字、更不懂法律的丈夫簽字，威脅並欺騙說只要簽字就放人。孫老實的丈夫相信了他們的謊言和欺騙，便簽了字，沒想到，不但沒放人，當晚孫玉芹就被秘密送到丹東看守所。

孫玉芹被關在丹東看守所一個二十多平米的破房子裏，有二十多人同住，每天吃喝、大小便都在一個房間裏，這邊正在吃飯，那邊上廁所，上廁所的時間有規定，過了時間就不讓去，有時還派兩個人看守。每天吃的只給一碗米湯，吃不飽不說，還要起早幹活，幹不完就不給飯吃，還不讓睡覺。看管人員一不順心，就毒打法輪功學員，其中有一個叫王靜的惡警，手段更加殘忍。

二零零九年十月二十三日，孫玉芹被秘密送到瀋陽馬三家勞教所。勞教所警察白天黑夜的逼迫孫「轉化」（監獄強迫法輪功學員放棄信仰，稱之為轉化），也沒有達到目的。「猶大」（中共稱之為「幫教人員」）袁淑珍叫惡警於小川，把筆強塞入孫玉芹手裏，讓孫玉芹簽字，孫玉芹不簽。

勞教所把堅定的法輪功學員送到洗腦班。法輪功學員孫福弟在洗腦班說了一句「法輪大法是正法」，就被送到「東港」（專門迫害法輪功學員的黑屋）裏秘密進行迫害。警察讓孫福弟站在一塊磚頭上，讓專人看著，一動不許動，動就打。還強迫她踩著法輪功師父的法像和書，不踩就毒打。孫福弟不久被折磨的起不來了，惡警還強迫她幹活，不幹就打。不久孫福弟出現了生命危險，被送到瀋陽醫院檢查。

還有一名法輪功學員李錦秋被張環為首的惡警強行劈腿，致使李錦秋的腿碰一下就像盪秋千似的亂盪，站著非常困難，就這樣還被惡警強行拉去車間奴役。

孫玉芹學大法前是一身病，並且婆媳關係很不好，經常因家庭瑣事鬧矛盾。通過一段時間學法修煉，大法的「真善忍」的法理在逐漸改變她，她不但身體康復了，性格也變得寬宏大量，不再計較過去的恩怨得失，主動跟婆婆和好，從此悉心侍奉老人，一家人過得快快樂樂的。

然而，在孫玉芹被非法關押的一年多裏，她年邁的母親因為擔心焦急，含冤離世。孫回家後還被當地派出所警察多次無理騷擾，警察倪成民等惡警還強迫孫玉芹簽字、照像。