當時，明太祖詔民開墾荒地，規定三年以後，才徵收賦稅。但是，一些地方官吏，私自提前徵稅，老百姓認為朝廷的詔令不可信，紛紛離開家園，逃奔他鄉。致使新開墾的土地，有不少又成了荒田。

方克勤到任以後，頭一件事，就是與百姓們約定，稅期仍為三年，並按土地的好壞，分田為九等，稅額亦按九等徵收，做到平均負擔，公正合理，民心大悅。因此農業生產，恢復得很快。

另一方面，方克勤嚴厲懲罰了那些乘機敲詐勒索的贓官污吏。於是，濟寧府的閒散荒地，得到了更多的開墾。

方克勤在擔任濟寧知府的三年期間，還特別重視、大力發展教育事業。除縣學、鄉學以外，還在各個村社，新建學校數百所。修葺孔夫子廟，並時加祭奠。於是，教化日隆，禮讓日興，社會風氣，大見好轉。

這年夏天，有個守將，要征發民夫，修築城池。方克勤說：「民方耕耘不暇，奈何重困之畚鍤？」意謂：老百姓正忙於收穫耕作，怎能再用勞役，去加重他們的負擔呢？他將這一情況，向朝廷中樞機構中書省申報，使這次勞役，終於作罷了。恰好，這時下了一場及時雨，旱情大見好轉。於是，濟寧百姓，紛紛傳唱起一首歌曲：

孰罷我役？
使君之力；
孰活我黍？
使君之雨。
使君勿去，
我民父母！

這首歌的大意是：

是誰免去了我們的勞役？
是方克勤太守之力；
是誰救活田裏的禾粟？
是方太守的向天禱祈！
方太守是百姓們的父母官，
您可不要離去！

方太守在他任內的三年中，濟寧府的人口，增加了幾倍，百姓們豐衣足食。

方克勤不追求名望，不隨便施以刑罰，他認為治世應該「以德化為本」，強調要篤功務實，為百姓們多辦好事。他說：「近名必立威，立威必殃民。吾不忍也！」因此，他雖官居太守，是一府的最高行政長官，但生活十分簡樸，一件布袍，穿了十年！他平常每天，只吃一頓有肉的菜。而對於那些被明太祖貶謫的官員，在路過濟寧時，總是給予周濟。

突然，有位大臣朱亮祖，官至征南副將軍、征虜右副將軍，封永嘉縣侯。他要從浙江坐船去北平（今北京），由於天旱日久，江河水淺，難於行船。他下令：要徵集民夫五千人，去疏濬河道。

方克勤勸阻不聽。身為太守的他，哭著禱告蒼天：祈求立下大雨，可得漲水行船，以便民免勞役。

由於他的虔誠，「忽大雨，水深數尺，舟遂達。民以為神。」（文據《明史》）那位大官老爺，順利乘船而去。百姓感謝上蒼，也敬謝方克勤如神！

（事據《明史》）