馬育新在一九九八年八月有幸走入大法修煉，從此，她得到了新生，遠離了病痛，每天都開開心心的做一個好妻子、好母親、好女兒，生活在幸福之中。

風雲突變，一九九九年七月中共開始瘋狂迫害法輪功。十月八日，馬育新去北京上訪，為法輪功討公道，在本溪火車站被本溪火車站警察劫持。當晚十點，鳳城市公安局副局長張振親自坐轎車連夜把馬育新帶回到鳳城市鄧鐵梅路派出所，被非法拘留五十多天。

二零零零年二月二十七日，馬育新再次進京上訪，在天安門被非法抓捕，被關進天安門派出的鐵籠子裏。後被鳳城市駐京辦的警察劫持到駐京辦住處。在那裏警察把她和其他法輪功學員用手銬銬在一起。第二天鳳城鄧鐵梅路派出所警察把他們押回，送進了鳳城看守所。在看守所，女惡警張華把馬育新提到辦公室，讓她蹲在地上一下午，說話也不准站起來。四月五日，在沒有出示任何手續的情況下，馬育新被劫持到遼寧省馬三家勞教所，非法勞教一年，到了那裏才補辦手續。

在勞教所法輪功學員被強迫洗腦，參加奴役勞動，為勞教所創收，還不讓午睡，加緊趕活。有一種手工藝活（形似櫻桃）讓紮成朵，氣味非常刺鼻難聞，像雙氧水之類的有毒，幹活的人被熏得直暈。因為喝的是羊圈邊上被污染的井水，馬育新得了菌痢拉肚子。勞教所每頓飯吃的玉米麵餅子，都是半生不熟的。還強制做廣播體操，跑步、走步、走正步，家屬接見還得訂餐、存錢、買生活應用品，買統一著裝的衣服，伙食不好還得買吃的食品。馬育新七十多歲的母親掛念女兒，每個月都要拖著病重的身體去看她，怕她遭罪還給警察買了三箱鳳城老窖酒。短短四個月，家裏就花了四千多元錢。

由於上述迫害，使馬育新家人受到了很大的傷害，承受著痛苦和壓力。從勞教所出來後，鳳城政法委李書記等人登門騷擾，單位也派人騷擾。節假日、敏感日都要打電話騷擾其丈夫。由於精神上壓力太大，其丈夫每天都提心吊膽的怕妻子出事，便有些承受不住了，使得原本和睦的家庭出現了裂痕。

從勞教所出來沒多久，二零零二年三月，也就是開人大、政協兩會的前一天，馬育新要去瀋陽辦事，在鳳城市火車站被非法綁架，被非法拘留十五天。

二零零五年十一月十六日，馬育新去農村散發真相資料時被惡人誣告，再一次被綁架至鳳城拘留所。她絕食抵制迫害，被強制掛點滴。七天後被送看守所時，惡警許志強強行從她身上搜走三百多元錢。洗漱用品、拖鞋都沒穿上就被四個人抬著扔上車。在看守所，惡警王獄醫等給馬育新強制灌食，在食物裏放了很多鹽，導致她的胃腸受到嚴重傷害，胃裏整天火燒火燎的。幾天後馬育新又被送至寬甸看守所非法關押，後被非法判刑五年。馬育新不服，提出上訴，丹東中級法院維持原判。馬育新再次上訴，又維持原判。

在寬甸看守所關押兩年半的時間，由於長期在極度恐怖的氣氛和壓力之中，在精神極度緊張的狀態下，馬育新患上了高血壓病，高壓二百三十。二零零八年五月二十一日，馬育新在體檢血壓二百多、心臟嚴重供血不足的情況下，被寬甸看守所送到遼寧省女子監獄。

在遼寧省女子監獄十監區三分隊，馬育新拒絕放棄信仰，被惡警張豔茹指使犯人號頭劉小燕（瀋陽人）折磨她，連續四十八小時站著不讓睡覺，連眼皮都不讓眨一下。兩個犯人加上號子、號頭，輪班看著她不讓她睡覺。當時她的血壓一百九十，心臟嚴重供血不足，導致嚴重後果她們都不放過，致使馬育新的身體受到嚴重的摧殘。在非法關押期間惡警張豔茹還收了她弟弟價值五百元錢的酒。

因為馬育新多次被迫害，其丈夫再也承受不住，與她離了婚，好端端的一個家庭被迫害得妻離子散。