在教養院裏，惡警們為了讓孫長利「轉化」（放棄法輪功的信仰），使孫長利受盡了折磨。有一天晚上吃完飯，就被幾個惡警拉出去毆打、謾罵、強迫孫長立放棄信仰，逼孫長利罵師父、罵大法、寫揭批材料。孫長利不配合，並說：大法好，寧死我也不放棄。

酷刑演示：開飛機

班長王桂芝帶頭折磨孫長利：先是罰蹲，隨後令其「開飛機」（一種酷刑彎腰頭朝下，兩手向上舉），緊接著就是連踢帶打。吳偉找來二十幾個打手打她，連拳帶腳；用木板打手、打腦蓋；揪著頭髮往牆上、鋪著瓷磚的地上、木桌子上使勁磕；打耳光，打得臉都變形了……種種酷刑折磨。期間，孫長利昏死過四、五次。昏死過去惡警們就掐人中，醒過來再接著打，從晚19時打到半夜23時，孫長利雙眼被打瞎。吳偉（大隊長）和打手們還威脅孫長立說，不准說眼睛是被打瞎的，出去也不准說，就說是自己跌瞎的，否則整死你。

孫長利被送到撫順教養院之前，還被紅廟子派出所迫害。

孫長利從一九九九年的冬天，為了讓世人明白真相，澄清大法是被冤枉的，她把大法真相送到了鄉政府，當時的鄉長是耿忠柱，孫長利把真相送給了副鄉長周國清，周國清說：你還敢往我這送！他就舉報了派出所。

過了一段時間，有一天派出所所長楊繼國、還有一個姓金的警察讓孫長利上派出所去一趟，到了派出所，他們就開始問孫長利還煉不煉法輪功。孫長利回答：煉，在派出所一下午，警察強迫孫長利放棄信仰，孫長利不答應。同時，被抓的還有法輪功學員付玉華（已去世）、尹寶琴，晚上送到新賓看守所。在看守所孫長利絕食抵制迫害，在這期間，紅廟子鄉派出所所長楊繼國以權謀私，多次找孫長利的丈夫恐嚇、勒索。說孫長利不「轉化」，讓孫長利的丈夫寫保證書。還威脅孫長利的丈夫拿工作擔保，要不就拿錢，一共拿了三次，三千元、一千五百元、二千元都沒有開收據。還有警察徐明國還勒索二千元，在看守所裏關押了五十多天，然後，政法委給送撫順五家堡子教養院勞教三年。

二零零二年秋，新賓縣的政法委，又把迫害雙目失明的孫長利抓走，直接送到了瀋陽馬三家子家教養院，勞教三年。在教養院裏，警察看孫長利雙目失明，就叫新賓縣的公安局辦保外就醫，當時，公安局法制科有個姓李的欺騙家屬拿四千元抵押金，辦保外就醫，等三年期滿就給返回。孫長利回到家中，期滿後，到公安局去要錢，他們互相推脫，法制科推到治安科，最後找到姓李的他們不承認，說：這錢你們別想要了。