1999年7月21日到北京上訪，被溫泉公安分局、三號橋派出所等警察劫持到雙鶴拘留所非法關押15天，勒索現金300元。同年8月16日，方錦蓮再次去北京上訪，被溫泉公安分局副局長宋瑞生等人非法劫回後，被非法關押在雙鶴拘留所15天，勒索300元（所謂伙食費）後轉至原溫泉韻泉賓館非法軟禁，每天50元的伙食費（強制法輪功學員自付），大約1000多元，月餘後又藉機非法關押到貓耳山看守所，1999年12月被非法勞教，送沙洋勞教所迫害，同時溫泉公安分局度志祥等人向方錦蓮的丈夫勒索1000元。

2001年4月中旬，方錦蓮在咸安區街上走路，被咸安區公安局綁架到貓耳山看守所，被迫害得「脫水」後，看守所通知溫泉分局放人，溫泉公安分局勒索2000元才放人。

2002年4月，方錦蓮和她媽媽、姐姐等人到沙洋看望因堅持信仰法輪大法被非法判刑的哥哥方隆超，被沙洋惡警綁架到當地拘留所，由於她不配合迫害，絕食抗議，五天後沙洋警方怕承擔責任，通知溫泉公安分局，溫泉分局副局長宋瑞生派人到沙洋去接方錦蓮，向方的丈夫勒索600元（所謂車費），同時向方的丈夫保證：接回後就直接回家，不再關押，結果回家不到五分鐘，就被三號橋派出所時任所長張培為首的六、七個警察像流氓一樣將已經絕食一週、被沙洋警方迫害得身體非常虛弱的方錦蓮強行綁架至貓耳山看守所繼續迫害，（此行是授公安分局宋瑞生等人的指使）。

2002年8月6日，方錦蓮在三號橋一家早點店門前正準備跟10歲的兒子買早點時，突然被三號橋派出所一群警察（約七、八個）團團圍住，非法強行把方錦蓮綁架到湖北省獅子山戒毒勞教所迫害。在那勞教所黑窩，方錦蓮遭受了種種精神和肉體上的折磨，曾經被那裏的惡警最多時派9個猶太一起圍攻，還不放棄信仰，惡警就把她關到一間房子裏，關上房門窗戶，派3、4個吸毒頭子對她打罵、恐嚇，吸毒頭子對方錦蓮說：打死你白打死，我們沒有罪，這裏有死亡指標。在那裏，方錦蓮被強迫做奴工，每天奴役勞動16小時以上，稍不如意就遭吸毒犯罰貼牆站立、打罵。當年快七十歲的母親一個人從咸寧好不容易找到關押方錦蓮的獅子山戒毒勞教所，可是那裏的惡警不讓她們見面，連去兩次都是如此，不准見面。方錦蓮在勞教所受盡精神上的種種摧殘和肉體上的折磨，於2003年3月放回。

2009年11月24日上午大約8點多鐘時，溫泉分局的金國新、程樂斌伙同市局的鄧高等人在方錦蓮住的地方大門口蹲坑，乘方錦蓮出門時，此三位彪形大漢把一弱女子方錦蓮綁架到車上，搶走手包裏的所有物品，並搶走方錦蓮的鑰匙 ，在方錦蓮的家裏沒有任何人的情況下直接非法抄她的家，抄走大法書籍和大法資料、兒子讀書用的電腦、四個存摺和現金。其中一個存摺是她丈夫的工資卡（後來在方的要求下，電腦、四個存摺和現金已歸還）。當天中午由市局的鄧高、分局的金國新、左水生把方錦蓮非法押送到湖北省法制學習班強制洗腦迫害。

在所謂的「學習班」裏，方錦蓮抵制他們的無理要求，並喊「法輪大法好」，被幾個警察圍打，其中有一個是領導叫龔健的警官，他們把方錦蓮的嘴打出血、牙齒打壞，嘴腫的老高，並變青紫。還有一個邪悟的人（所謂幫教）有一次把方的棉襖脫下捂住方錦蓮的鼻子和嘴。如果不聽他們的使喚，他們就有時強制方錦蓮站軍姿，站很長時間都不讓坐；有時拿幾個電棒出來嚇唬，每天都要求寫批判自己或者是批判法輪功和李洪志師父的文章（即所謂的做作業）。方錦蓮受盡了折磨和恐嚇，歷經大約56天時間，方錦蓮原來因煉法輪功煉好了的心臟病又復發了，並出現其它病。期間方錦蓮的家人、親戚一再到分局要人，分局的金國新答應方的親人從洗腦班迫害出來就直接回家，可是市局的鄧高和分局的金國新那天把她弄回後並沒有直接送回家，而是把方錦蓮軟禁到咸安區的一個賓館，又非法關了三天，並派人去審問她。這三天的非法關押聽說是市局的鄒譽和鄧高等人的指令，在被非法軟禁的地方，市局的鄒譽、鄧高、胡某和分局的劉穎曾去非法審問她。

直1999年7.20以來，中共惡黨人員勒索方錦蓮累計現金4600多元，宋瑞生、度志祥、程樂斌等人三次非法闖入抄家，抄走大法書籍、李老師法像、講法錄音、煉功服、煉功坐墊、煉功磁帶等私人物品，沒有收據。惡人多次迫害方錦蓮，給其家庭、丈夫、親人、小孩帶來極大的痛苦與傷害。

善惡有報是天理。奉勸那些還在參與迫害大法和大法弟子的人早日停止迫害，一定要給自己留一條後路啊。