九九年七月中共開始瘋狂迫害法輪功，同年十二月他進京上訪，為大法和師父說句公道話，被安徽合肥郊區公安分局非法勞教一年。

孔德文不放棄信仰，堅持修煉法輪大法，於二零零四年又被安徽合肥「610」惡警衛政、楊軍、魏某綁架，在合肥公安局四樓刑訊室遭受酷刑折磨，惡警衛政、楊軍把他關在鐵籠子裏，兩隻手各帶一副手銬，手銬的另兩端銬在鐵籠子的兩拐角，整個身體多次被懸吊空中，手腕手臂像斬斷一樣疼痛，頓時全身大汗淋漓，生不如死。

孔德文十二個晝夜一直被吊銬在鐵籠裏，不給睡覺。後又被關押在看守所繼續迫害，每天早上五─晚十二強迫做奴工（製作小彩燈），必須完成高定額指標，否則不給睡覺，通宵加班，還要挨打。在此期間，吃不飽飯，水煮老青菜沒有油，人也日漸消瘦。後他花錢定了幾次菜，每次定菜他都分一半給同監室的一個死囚，沒過多久，他和那個死囚兩人都出現了雙目視力下降，看不清東西，心跳過速，身體發麻，四肢無力等症狀，這時才有所知覺，難怪定的菜味不正，可能被下藥。

二零零五年孔德文被非法判刑三年，本來身體就極度虛弱卻又遭進一步迫害，在安徽宿州第三監獄，因不放棄信仰，被關小號、強制洗腦、吊銬、罰站、拳打腳踢、不讓睡覺、做奴工。迫害主要責任人有唐傳友、黃啟俊、分監區長王軍等。

二零零七年三月出獄，孔德文已被迫害的喪失工作能力，經親戚及朋友的長期幫助，現生活才勉強自理。經醫院眼科專家鑑定：「雙眼視神經萎縮，為低視二級殘疾」。合肥市殘疾人聯合會給他發了「殘疾人證書」。