二零零零年二月，馮玉秋到北京為法輪功鳴冤，在離天安門不遠的地方就被北京警察綁架，用警車拉到天安門附近的公安分局，後被送到吉林駐京辦事處。她身上帶的一百五十元錢被一女警察搶去。兩天後她被劫持到舒蘭拘留所非法拘留五天，然後才被學校負責讓人接走。在此期間，她還被七里派出所警察勒索一千五百元，當年夏天又被教育局以「抵押金」名目騙去三千五百元。

二零零零年十二月十九日，馮玉秋再次到北京，在天安門金水橋上她和其他法輪功學員一起打出「法輪大法好」的橫幅，高喊「法輪大法是正法」，被北京警察綁架到天安門附近的公安分局，法輪功學員們仍拉著橫幅，喊法輪大法好，警察舉起警棍大打出手，當時就把馮玉秋的頭打起一個大包。據馮玉秋後來說，她還看到有一位女法輪功學員被打得鼻口出血，另一位女法輪功學員緊緊攥著橫幅不放，被警察拖走，不知弄到甚麼地方去了，地上留下她斑斑血跡。

後來馮玉秋等法輪功學員被拉到北京市區的派出所，警察逼她們強行照相，不照就打，逼說出姓名，否則就不讓睡覺；稍後在北京城區看守所，馮玉秋被強行灌食，警察打她的嘴、踩住她的腳，用拳頭打她的頭部，強行灌入濃鹽水，更多時候，是用塑料管插入鼻孔進入食道，馮玉秋的鼻子、嗓子都被插出血。

三天後，馮玉秋被拉到河北省的井陘縣公安局，遭酷刑折磨，兩男一女警察用電棍電馮玉秋的臉、耳朵、手，逼她跪著，把她的雙臂扭到後邊去，使勁往上抬；把木棒放在她的小腿肚子上，兩個警察上去狠命踩壓，像擀麵餅一樣來回踩壓，直到她的腳和腿被踩的腫到了極限，他們打累了，就停下來喘粗氣。過一會兒又繼續用這種酷刑折磨她，直到說出姓名為止。馮玉秋腿腫的像槓子一樣，不能彎，不能走，兩個多月才消腫。直到現在，她的左腳大拇趾和二趾站立、行走都伸不開。後馮玉秋被非法勞教一年。

在長春黑嘴子勞教所，馮玉秋受盡了精神和肉體折磨。為了逼迫她寫「五書」，警察、邪悟者輪流對她進行圍攻洗腦，不許睡覺，逼迫「轉化」。

勞教所還每月強迫法輪功學員寫思想彙報，不合勞教所胃口就逼重寫，用這種方法給大法學員洗腦。還經常逼看誹謗法輪大法的電視片，舉行所謂報告會、升旗儀式、簽名等，逼迫法輪功學員背叛「真善忍」信仰。另外，每天還強迫法輪功學員做十幾個小時的奴工。

一年非法勞教到期時，管教安排三大隊八個邪悟者把馮玉秋帶到一個房間恐嚇、威脅，逼迫她「轉化」，馮玉秋堅決不肯，被惡徒狠狠打耳光。

馮玉秋回家後，仍繼續遭中共人員的騷擾。二零零二年夏天，舒蘭市「六一零」和教育局的溫長吉等四人闖到二十五中學找馮玉秋，說教育局有一個「轉化」名額，逼她「轉化」。遭到馮玉秋斷然拒絕，她說：「我修真、善、忍做好人，讓我往哪裏‘轉化’？我不幹！」

二零零七年，馮玉秋再次被綁架到洗腦班。那年八月十一日凌晨四點，舒蘭市七里鄉二十五中學校領導張殿全、楊光偉、周某、郝樹江、胡鵬彥等和七里派出所警察張黎闖到馮玉秋家，強行把她劫持到吉舒鎮響水水庫（故鄉福利院）洗腦班。當時被綁架到洗腦班的法輪功學員有十四人。「六一零」人員令長春某派出所警察王玉蘭、邪悟者祝某（男，四十多歲）、舒蘭的李合舉、吉林市史某（男）給法輪功學員進行洗腦。馮玉秋拒絕轉化，最後被罰款一千元。