2004年12月初，獄警李潔志、李玉宏、李偉、董玉江、王和唆使搶劫殺人犯劉立軍等犯人對法輪功學員瘋狂迫害。楊曉光被劉犯打得鼻口竄血、面部青腫；劉國來被劉犯打得眼眶青黑，肋骨折斷三根，躺在地上起不來；五十多歲的孫榮孝四天中兩次慘遭毒打，被打得滿臉開花，慘不忍睹。

2005年11月10日前後，獄政幹事張慶山毆打關連斌，用電棍電擊關連斌小便、大腿內側，折磨長達三個多小時。關連斌被折磨一個多小時後心臟病發作，張慶山將電棍插入關連斌內衣裏，直接電擊心臟部位，並叫道：「我這專治心臟病。」

2006年3月16日，因王海拒絕「轉化」，獄政科長王旭輝、幹事侯波、管教宋軍林、李亞魁等用各種手段折磨他，一天迫害4、5次。宋軍林天天毒打他，拽著鐐子在地上拖。獄警調來全獄最惡毒犯人劉立軍、李小東、牛淼扒光王海的衣服，用尼龍管毒打其全身。用腳踩、踹銬在腳和手上的腳鐐和手銬，致使王海手腕、腳踝部位發黑、化膿，持續迫害了一個多月，導致王海精神失常，大小便失禁，全身傷痕累累。惡警侯波叫囂：「我已經把王海整的只剩半條命了」。

2006年3月25日，武學軍、宋軍飄、姜磊到小號裏毒打黃國棟，並惡毒地用電棍電擊其生殖器和肛門，導致黃國棟當時就拉褲子，事後很長時間肛門沒有收縮力。

2006年5月17日，武學軍將劉君打倒，用腳踩著劉君的脖子電擊，同時用腳踢，劉君的眼睛被踢腫。

在監獄集訓隊，哈爾濱朝鮮族中學教師田榮賀被折磨了七天七夜，被犯人用膠帶把嘴封上打，牙齒都被打碎了。吳躍榮被獄警用冷水澆全身直至暈過去為止。姚國才被強制灌食生玉米麵、辣椒麵等。

被監獄迫害致死的法輪功學員有：金宥峰（原牡丹江師範學院教師）、潘興福（31歲，曾任雙鴨山電信局交換中心副主任）、寧軍（50多歲，牡丹江市西安區）、魏曉東（34歲，原黑龍江八一農墾大學工程學院講師）、汪繼國（40歲，牡丹江師範學院職工）、李儒清（66歲，雙鴨山礦務局機電廠職工）、杜士良（50多歲，海林市民）、於軍修（浙江人）、張洪權（原大慶石油管理局測井公司計算站工程師）、孔祥柱（39歲，雙鴨山市民）、吳月慶（30多歲，雙鴨山市民）。

牡丹江監獄對法輪功學員的迫害並沒有停止，吳國利、賈昌民、孫發、趙建國、牡市第二中學教師宮呈閣、牡丹江監獄警察戴啟鴻、侯喜才等大法弟子現被劫持到牡丹江監獄集訓隊迫害：不讓洗漱、強制長時間碼鋪、剝奪睡眠並不許家屬接見，已近3個月。

監獄關押大約4800人，強迫他們每天幹12小時活，有些人長時間不能洗手、洗衣服，許多人長了疥瘡。出工幹活就用那雙流著膿，長疥瘡的手去挑「衛生筷子」和「雪糕棒」，對消費者健康構成極大危害。