99年7月19日，當地派出所就把初立文非法關押，迫害初期，由於法理不明、執著太重，在「保證書」上簽了字。回家後，初立文悔恨萬分。此後的幾年中，他加倍彌補，按照師父的要求堂堂正正的走證實大法的路。初立文被非法勞教三年，三年勞教期滿，於2002年4月份被釋放回家。

昌邑610頭子陳曉東於2002年8月份闖入初立文家，把他劫持到看守所，然後又對他非法判刑5年，送入濰北監獄。由於初立文一直在絕食絕水，加上邪惡的迫害，已經不能講話，生命處於極其危險的狀態。

即使這樣，在監獄裏，初立文還在遭受非人的折磨。2004年4月15日，監獄惡警用5根電棍電擊初立文，妄圖強迫他放棄修煉，致使其頭部嚴重受傷腫大。初立文堅信大法，不服從惡人的一切指令。

初立文的兒子、法輪功學員初慶華，和妹妹一起去濰北監獄看望父親，被惡警勾結昌邑公安局陳曉東等惡人強行綁架，送回當地派出所。二十剛出頭的初慶華被秘密非法勞教2年半。此後，一直沒有人去探視初立文。