2001年10月25日，耿傳君聲明以前所寫、所說、所做對大法、對師父不利的言行全部作廢，堅修大法到底。為此又被豐溝派出所的王薇、敏長春、王守民等惡警綁架到看守所迫害了15天。後來豐茂林場派人在他家附近監視。

2002年5月9日，豐溝派出所的惡警與公安局刑警隊的惡警到耿傳君家把他又一次綁架走，在刑警隊，惡警敏長春毒打他之後，把他的胳膊背到後面上下銬上，最後強制坐鐵椅子折磨。第二天把耿傳君送到看守所，在那裏他又遭受了惡警與犯人非人性的虐待。就這樣在8月份給安一個從來沒有過的罪名，非法判刑，他上訴也不起作用。看守所為了牟利，在附近安了一個小賣店，專門賣油鹽餅、餅乾、方便麵等食品，不叫被關押的人吃飽，好買他們的食品。

12月6日，耿傳君等大法弟子被強行送到鄉蘭監獄「集訓」迫害，在那裏也是遭到沒有人性的對待。2003年1月14日，耿傳君被分到佳木斯監獄一監區三分監區，那裏每一個法輪功學員，被4個犯人包夾看管，不讓與其他學員說話。惡人們假話、髒話隨便說，卻不讓人說真話。惡警獎勵參與迫害法輪功學員的犯人。為了反迫害，大法弟子們開始絕食，惡警和犯人就強制插管灌鹽水折磨。

2004年，蓮江口監獄和佳木斯監獄合併，名叫佳木斯監獄。3月24日耿傳君與其他同修被轉押到蓮江口，他被劫持到佳木斯監獄二監區二分監區，到那裏之後就被封閉起來。在各分監區裏不讓大法弟子出去，後來晚飯後才下樓出去放風。耿傳君為了向監獄長反映法輪功學員是被迫害的，沒有罪，全是為了做好人，寫了一封信投到監獄長信箱，後來又寫了一封給監獄局的信。正想投的時候，惡警派人看著不讓投。這才知道那裏掛的「信箱」是假的，只是為了騙人放在那裏的擺設。從這以後，耿傳君的筆和紙全都沒收，放風也不許出去，遭受了更嚴重迫害。

為了找監獄領導談話說明真相，耿傳君絕食4天，教改科姓王的科長說過兩天跟他談話，誰知道又是假的，騙人的。晚上耿傳君煉功又被監控看到，教改科姓王的科長，還有兩個科長（姓侯、姓劉），姓王的說：「保證以後不能煉功」，耿傳君說：「我不能保證。」隨後姓侯的上來打他。耿傳君說：「煉功與你有甚麼關係？我與你無怨無仇。」後來他就收回去了。姓王的（惡警）還讓寫保證，耿傳君說：「不能保證，因為我煉功沒有犯法。」最後姓曹的說：「給你一個機會」，讓他回了監舍。

2004年7月份中共惡黨610恐怖機構給各監區下命令強行轉化法輪功學員，在權力與利益的誘惑下，張格秋（所謂教改幹事）、王振喜（所謂二分監區指導員）等惡警強制耿傳君到洗漱間站著背38條（犯人行為規範），等等。面對這些無理的要求，耿傳君沒有配合惡人，張格秋（惡警）就用拳頭打他的臉和胸部，其中季儉奎還說找兩個殺人犯打他。事後第二天早晨耿傳君呼叫總監控室的人員，要求見監獄長，他說先跟監區領導談，後來要求值班幹警找所謂姓劉的教導員，結果姓劉的（惡警）沒來，王振喜卻找耿傳君，問：「你找監獄長幹啥？」耿傳君說：「張幹事打我。」他說：「打哪了？」隨後動手就打耿傳君。耿傳君就喊「幹警打人了」。哪知道卻來了一幫惡警，不但沒有制止，反而用手銬把耿傳君銬在床上，用電棍電他胸部。

從這以後，耿傳君的一舉一動都受限制，晚上不讓睡覺。不法人員邪黨就這樣沒有人性的虐待法輪功學員。