楊曉傑入獄後，獄方為了強迫他放棄修煉、放棄良知、放棄做人的原則，進行所謂的認罪悔罪，逼寫臭名昭著的所謂「四書」（即：認罪書、決心書、悔過書、揭批書）強迫看誣陷大法的錄像等、強迫參加勞動，如不服從，即以種種藉口毆打、體罰、關禁閉室。

禁閉室是獄中之獄，狹小潮濕，手銬腳鐐一起帶，堅持真理的楊曉傑第一次關禁閉15天，隨後的日子對他的迫害更加邪惡。為了不讓他煉功，獄方安排輪班監管二至四人，夜間兩名犯人，白天兩個犯人，一看到他有煉功動作即制止，甚至毆打，其中表現最為狠毒的一個犯人叫范紅山，多次對楊曉傑打罵，不畏強暴的楊曉傑為此曾寫信向獄方反映。其實正是監獄惡警指使、縱容、暗中授意唆使犯人幹的這些事，並以減刑立功作為誘餌。某些見利忘義的犯人便成了獄方的行惡工具。

獄教育科惡警發現楊曉傑多次揭發他們的犯罪事實，就將各監區大法弟子的筆、紙全部收走、剝奪大法弟子與他人講話的權利、接見的權利、煽動其他服刑人員劃清界線。

為了進一步迫害楊曉傑，獄方不允其下樓活動，不許鳴冤申訴，不許參加獄內的大型活動，不許自由看書、報、書寫，有事需先報教育科在允許情況下、在專人監視下才讓給家人寫信聯繫，但內容得符合獄方品味才給寄發。

2004年6月獄方組織收看造謠誹謗大法的錄像，遭到楊曉傑的拒絕，十一監區夥同其他獄內機構及教育科，命令犯人武力強制將楊曉傑關押禁閉（第二次）。為了抗議這種精神迫害和身體摧殘，他忍無可忍，和另一位當天一起被關禁閉的大法弟子葛志軍絕食抗議。絕食1天後，獄方給二人野蠻灌食，食物為奶粉湯拌有大量食鹽，幾次下胃管不成功後，改用粗管子，幾個壯漢強迫插胃管，由於用力過猛，當即使楊曉傑大量胃出血，吐血不止……

慘無人道的有關獄警怕鬧出人命，隨後的日子就開始用軟辦法誘使二人進食。可是正是從那時候起，二人的身體再也沒有恢復起來，二人的身體很快消瘦下去，身心受到嚴重摧殘。獄內的伙食很差，遠沒有達到應有的標準，長期的迫害加上營養的嚴重不足，使楊曉傑本來一百幾十斤的壯漢很快的消瘦，到2005年的春季，整個人已經脫了像，瘦的只有幾十斤重，嚴重虛弱。此時的十一監區還要求其出工參與勞動，家人多次來獄探視都被獄方拒絕了，也不許家人知道他的身體狀況，以圖隱瞞迫害真相。

後主管隊長劉寧怕擔責任，就帶楊曉傑去獄內醫院查驗身體，但檢查結果竟被輕描淡寫說成是腎虛、腰肌勞損。其實此時的楊曉傑身體已異常虛弱，走路都很吃力，惡警沒有別的辦法，只能讓他留號休工。在休工的幾個月中，也沒有甚麼醫療補救措施，也沒有將他的情況通知家人。留號休工的楊曉傑基本的生活已不能自理，上下床都很困難，骨瘦如柴，進食極少，整日臥床。

直到2005年12月底，才將生命垂危的楊曉傑送到獄內醫院，住院三日後被拉到獄外醫院檢查，但檢查結果不讓人知，兩天內辦理保外就醫，通知家人把他接回家。

楊曉傑住院是2005年12月底即12月22日，保外是12月28日。按照常規一二天內很難辦理保外手續。獄方很清楚楊曉傑已生命垂危，於是把生命垂危的楊曉傑迅速推給家人。結果農曆年前楊曉傑去世了。好端端的一個壯小伙一年多就被折磨的失去了生命。

一個修煉大法後身心受益、立志做好人、做一個講良心的好人、想做一個堂堂正正的有道德的人，卻被非法判刑11年，入獄兩年多就被迫害致死。請善良的人們明辨善惡是非，伸張正義，討還公道，共同衛護基本人權。

呼籲對迫害的兇手追究法律責任，並對死者及家人經濟賠償。

監獄迫害組織及人員：
教育科：汪國斌（科長）、岳玉海（副科長）、現調任內管大隊（大隊長）趙軍、李立苛、張忠林