洪長剛進監獄就被5名包夾人員不分晝夜地看管起來，此後最大限度的失去了自由，被剝奪了種種正當權利，過著囚中囚的生活。

在這種情況下，監獄反覆逼迫洪長學習所謂揭批材料。監獄給洪長看的第一篇材料就是一篇造謠文章，該文題目是《社會主義法制神聖不可侵犯》，它編造了兩句話、打上雙引號冒充法輪功書上的原話，並以此為據攻擊法輪功。洪長馬上在思想彙報中加以揭露，要求監獄機關翻開法輪功書籍加以對照，澄清事實，結果時任入監隊指導員的周苗忠說：「文章的真假我們不管，上面讓我們怎麼幹我們就怎麼幹。」

道理沒有了，就看暴力，他們開始對洪長體罰。2002年3月4日～4月7日期間除週日外，他們強迫洪長立正靜站，每天從早上7時許一直站到晚上8點正（只有吃中飯晚飯時可以坐下），每天要立正12個小時，在洪長站得雙腳浮腫非常痛苦時，他們在洪長身邊反覆朗讀那篇造謠文章強行灌輸。4月7日洪長叉開雙腳拒不立正，他們一擁而上，反擰洪長的手臂，踩住洪長的雙腳，強迫洪長兩腳保持立正姿勢，如此折磨兩天，（在入監隊三組監室。）

後來洪長被送到校務中隊。2002年8月28日～12月1日他們又對洪長進行了三個月的體罰（每天從早上6：20～晚上8：30）。

2003年5、6月間洪長開始罷工罷課，以此抵制監獄的不法行為，爭取正當權利。6月10日洪長因為煉功（是一種權利也是一種抗議），被戴上20多斤重的腳鐐，直至7月20日方才下掉。（此時洪長已被移送到入監隊老殘組。）

2003年7月19日，全監召開所謂揭批大會，強迫轉化了的學員上台悔過，並組織全監犯人觀看錄像轉播，洪長拒不觀看，翌日，他們再次逼迫洪長，洪長駁斥警察：「你們暴力逼迫他們轉化，又逼他們上台悔過，這算甚麼教育？他們講的都是違心話。」警察無言以對，就將洪長投入禁閉室禁閉半月，8月4日放出。

十大隊當時的教導員魯××、副大隊長章繼光、入監隊老殘組中隊長楊珠文等對洪長進行威脅失敗後，決定暴力折磨。自2003年12月10日起他們脅迫犯人開始在夜裏騷擾洪長睡覺，（用潑冷水、掀被子、毆打等方式。）兩三天後他們將洪長同監室的其他犯人清理走（害怕看到的人太多），專門騰出一間屋子關上門窗秘密迫害，（為此老殘組其他監室大規模調整床鋪，監室擁擠不堪，折騰了好一陣。）此後開始通宵不讓洪長睡覺，直至12月26日一連十幾天不讓洪長睡覺。老殘組中隊長楊珠文揚言說：監獄已決定把洪長當成精神病處理，死了白死，因為獄方曾給洪長做過心理分析，鑑定洪長有精神問題（這是惡人的謊言）。12月10日～26日這十幾天中，一開始還允許洪長夜間躺在床上，後來不許上床了，允許坐，後來坐也不太讓坐了，因為剛一坐下就會睡著，在幾秒鐘內睡著，一睡過去就翻倒在地，連人帶凳子一起翻倒，那就叫洪長來回走動，看到洪長走路的人說：洪長沒魂了。生死關頭洪長沒有任何妥協，邪惡未能得逞，12月26日獄方開始給洪長少量睡眠時間，後來睡眠時間慢慢延長，至2004年1月農曆大年初一那天開始允許洪長通宵正常睡眠。此後被清理出去的其他犯人又搬回了監室。

從2004年3月29日起，新一輪迫害開始了。他們從新犯組調來一批包夾人員，將原來那批包夾人員撤下，換一批人逼迫洪長，又大動干戈騰空了一間屋子專事迫害。他們怕人看見，大白天也關上門窗，門上貼著布告：「未經警官批准，閒人不得入內」。3月29、30、31一連三天三夜不讓洪長睡覺，4月1、2日夜裏分別讓洪長睡了5個多小時，從4月3日起又不讓睡了，此後直至4月11日一連9天9夜不讓洪長睡覺，不但不能睡，這前後十幾天他們一直逼洪長站著，每天要站20個小時以上（4月1、2日除外），如若不站就是拳打腳踢，每天從早站到晚，再站到第二天天亮，只一日三餐允許坐下（吃），（有時夜裏12點左右允許坐片刻）。他們在折磨洪長的時候，還每天對著他放碟片，逼他看所謂揭批材料，強行洗腦。

這期間他們還在老殘組活動大廳專門針對洪長開了個批鬥大會，（他們開過兩次專門針對洪長的批鬥大會），黑板上是現場批鬥大會幾個大字，章繼光、楊珠文等在上面坐著，下面是一百六七十、七八十號犯人，中隊長一聲令下，兩包夾人員架著洪長押到主席台前，他們當場播放洪長以前在勞教所認罪時被拍的錄像，然後安排幾個犯人上台發言，編造出洪長的「反改造言論」，與洪長劃清界限，洪長在主席台前大聲抗議，警察惱羞成怒，當場反銬住洪長的雙手，並用電警棍頂住洪長的脖子電擊。形同文革批鬥會。

到了後來洪長生命極度危險，有時站著站著閉上了眼睛直挺挺一跟頭栽倒在地。到了4月11日，監獄裏出了一件事，關押在倉庫中隊的一名法輪功學員非正常死亡了，獄方有所顧忌，當天夜裏，讓洪長完整地睡了一宿，第二天晚又讓他睡了一宿，至4月13日，監獄將洪長的睡眠時間縮短至6小時，後來很快縮至3小時，還是每天逼他站著，從早站到晚，從晚站到翌日凌晨3點，然後讓他睡3個小時至早上6點將他弄醒繼續站立，如此直至2004年5月23日，洪長始終不曾屈服，監獄最終放棄了對他的「轉化」。

那位死去的學員名叫陳乃法，福建人，捕前係浙江瑞安交警，後來監獄給他定了性，開大會時誣蔑說他是為了「追求圓滿自殺」的。

2005年5月9日，洪長刑滿釋放了，4年中，他不認罪不「轉化」，不背監規，堂堂正正走出了監獄。

洪長在四監遭受迫害的情況，獄中很多人都知道，甚至那些參與迫害的犯人也有良心發現的，其中有個人給洪長下跪過求得他的原諒，還有兩人因不願參與迫害遭到了獄方的威脅，其中一人被撤離了崗位撤消了獎勵。利誘威逼犯人迫害法輪功學員，這是文明社會所不齒的。

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