秦鵬2003年6月被清華大學不法人員騙回校論文答辯被抓。在受到北京市公安局、北京市勞教局共一年多的折磨（包括捆綁在床上、鐵椅子上毒打、冷凍等）後，於2004年9月被轉到河北高陽勞教所。因他身體屢受摧殘，他提出無法勞動，被大隊長楊澤民、教導員李軍及房豹、常金良等用手搖電話、地銬等折磨，至今仍身體較弱，手腳易脹、麻木，左膝無法正常運動。

秦鵬是清華大學經濟管理學院 99級MBA，大學期間多次獲得「優秀三好學生」、「優秀學生幹部」等稱號。1999年MBA入學考試第8名，入學後被選為班長。因工作努力、待人熱情受到同學好評。1999年10月因參加修煉心得交流會被抓，後被學校強迫休學。2000年6月因公開煉功被抓，後被清華大學強迫休學。2001年 1月1日凌晨，被中關村派出所警察破門而入抓走。同時被抓的還有他的妻子王雯（法輪功學員）和不滿一歲尚未斷奶的兒子，後關押於北京市公安局七處看守所。後被非法勞教兩年。

在北京團河勞教所三大隊，秦鵬經受長期的高壓體罰強迫洗腦仍未向邪惡妥協，在勞教到期時，惡警為掩蓋其長期對秦鵬的非人性迫害，酷刑折磨秦鵬，使其神志不清寫了所謂的「四書」後，把一幅自稱其家人「贈送」的錦旗掛在三大隊的大廳裏。然後又到處宣揚經過幾年的努力終於「轉化」了秦鵬。然而，秦鵬解教後僅幾個月時間，又被非法抓捕，而此時那幅所謂的錦旗還掛在三大隊的大廳裏，團河惡警怕謊言被揭穿，不敢接受秦鵬，致使秦鵬一直滯留在調遣處一大隊，遭受嚴酷的迫害。秦鵬從2004年中國新年前後開始絕食抗議迫害，反而遭受更嚴酷的對待，連大小便都被嚴格限制，到四月份，秦鵬已連續絕食幾十天，骨瘦如柴，不能行走，大小便不能自理，然而惡警仍對其迫害，野蠻灌食。秦鵬於2004年9月被轉到河北高陽勞教所繼續遭受迫害。