昌吉勞教所部份罪行如下：利用勞教所惡人毆打並侮辱新被綁架入所的法輪功學員。利用兩名勞教人員24小時監控管制法輪功學員。利用高強度勞動進行人身迫害，如每天勞動達20小時之多，經常通宵達旦，睡眠嚴重不足；幹活期間叫罵聲、耳光聲、磚頭砸背聲沒一刻停歇，充當打手的是幹警培養的勞教組長，最後由幹警用電棍總結。

2001年1月，一批法輪功學員公開表示堅修大法到底。之後勞教所便開始打擊報復堅定的法輪功學員，如用電棍毆打法輪功學員；當眾拉出法輪功學員幹苦活及重活；進行強制洗腦的精神迫害；挑動包夾監控仇視從而迫害法輪功學員。

2001年11月25日，幾十名法輪功學員絕食罷工，抗議勞教所迫害。勞教所對這些學員用電警棍、手銬等刑具鎮壓，唆使其他勞教人員拳打腳踢進行灌食。

昌吉勞教所迫害法輪功學員的主要責任人是所長朱雪飛，參與打人的部份幹警有六大隊的顧建海、寧濤、田虎、警戒隊的張彥。

昌吉勞教所的所有法輪功學員（均為男性）都可以作為見證人。部份學員名單如下：崔貴林，范勇林，王輝，趙愛軍，李先正，周旭東，李陽，劉宇霖，王立豐，劉志軍，鐘凱，郭樹岩，李永平，劉新平，葛利軍，麻巨軍，陳玉江，蔡文旭，樊大成，徐軍年，宋繼莊，南緯，王宏軍等。