99年4.25上訪回來，他就已經被監控，家裏經常受到騷擾，甚至深夜都有電話詢問他是否在家，警告他不准離開家。

99年7月17日，賈清貴被從工作崗位上綁架到公安局關押24小時。

99年7月19日他被從家裏綁架、抄家、拘留，一個月後勒索5000元錢辦了所謂取保候審才釋放。

99年10月24日，賈清貴在北京中辦、國辦接待站被綁架、抄家、拘留、非法勞教三年。對政府的做法他無法理解，他絕食五十多天進行和平抗議。年末，他被從朝陽教養院押回凌源看守所企圖把他送交法院判刑，經半年努力未成，又把他送回朝陽教養院繼續勞教。

2000年末，賈清貴又被轉送到撫順教養院進行異地改造。在男隊惡警使用各種手段強迫他轉化無效，又把他送到女隊，警察指使猶大對他施行了各種酷刑，他被折磨的頭部腫大、全是傷，面部淤血、青紫色，眼睛腫成一條縫，眼球充血。對賈清貴這種慘狀，惡人們非但沒有絲毫同情，反而還取笑他。惡人們把他拋到空中又摔到地上，抓著他使他頭頂撞牆，還不讓他睡覺。他視覺模糊，覺得五臟六腑都碎了。一個猶大一腳向他踹來，使他頭撞暖氣片而昏死過去，但是惡人們仍然沒有達到目的。於是男隊把他接回去繼續迫害，把他折磨的吐了血。賈清貴要求到醫院去檢查，惡人們讓他自己出錢，還不允許他問檢查結果，就說他沒有被打壞。2001年惡人們又把他送到新收號、強改號關押。

由於賈清貴長期遭受折磨，身體十分虛弱，2001年8月初的一天打飯時，他被腳下的米湯滑倒摔成股骨頭斷裂，惡人們把他架到衛生所，一個警察使勁擰他的大腿，疼痛難忍。一個月後，他要求去醫院檢查，惡人們不讓他知道檢查結果，但是卻同意他回家養傷的要求。

現在賈清貴左腿稍短，肌肉萎縮，一瘸一拐，不能正常行走。