莊偃紅因天生只有一個腎臟，故體弱多病，特別是她的偏頭痛，一疼起來非吃那種含有嗎啡的止痛藥不可。到北工大任教之後，由於她體弱多病，幾乎每個學期她都不能按時完成教學工作量，更別提其它的科研項目了。1994年修煉大法，莊偃紅的身體發生脫胎換骨的變化，滿面紅光，看上去要比實際年齡小，她不僅已經能如數完成教學工作量，還接了許多科研項目。

在大法遭受迫害後，莊偃紅堅持修煉，向各界人士說明法輪功真象。2001年在北京市公安局要把她強制送到洗腦班的情況下，莊偃紅在迫不得已，給所在單位領導寫了一封信，然後出走了。

2001年12月27日，在外流離失所的莊偃紅，被昌平公安分局非法抓捕，關押在昌平拘留所，遭到多次毆打。莊偃紅以絕食表示抗爭，又多次遭到野蠻灌食：被拘留所不法人員打倒，在地上拖拉，多人按住四肢和腹部，擊打頭部和臉部，強行將鼻飼的管子插入體內，導致咽喉部位多處戳破，吐出血粘液不止。

2002年1月，莊偃紅被轉至北京市公安局的「法制培訓中心」強制洗腦，晝夜遭到多人不停的輪番圍攻、辱罵、斥責、恫嚇、譏諷等精神折磨，並被體罰，20多天不許睡覺，每天只准在清晨睡上1-2個小時。

自2002年初起，莊偃紅被長期單獨關押在「法制培訓中心」一間狹小的禁閉室裏，達半年之久，經受嚴酷的審訊和關禁閉，精神和肉體上遭受到完全非人的待遇，幾乎到了生死崩潰的邊緣。直至2002年7月9日才獲釋，之後又取保候審一年，受到非法監控。

禁閉室僅有約2米長，1.5米寬，前後都是密封的大鐵門。關在其中的人不被給於一個人存活的起碼條件：炎熱的盛夏，室外氣溫高達攝氏40度以上，室內悶熱的令人窒息，心跳、呼吸都很困難。當要求門外站崗的武警開一點小窗口通風時，回答是：奉上級旨意不允許，只能這樣熬著，實在不行了就叫大夫來給打針，吃藥。幾週後，警方怕出事，才每天開一會兒朝向樓道內的門上的天窗，也只給開一條大縫。

莊偃紅被剝奪了任何人權、人身自由，人的尊嚴和人格遭到完全踐踏，連拘留所和監獄中的犯人都不如。洗漱、上廁所均在禁閉室內，每一個舉動的變化都要向站崗的武警喊「報告」，獲准後方可做。其餘時間只許在鋪板上「端坐」，稍不服從就會遭到辱罵、訓斥、刁難。與外界處於完全封閉隔絕的狀態，不許與室外任何人員說話，不准寫信或捎口信給家人，其家人半年之中得不到任何有關音訊，生死不明，身心受到嚴重的刺激和損害。另外，數月內不准洗澡、剪指甲，兩個月喝不到一口熱水。無論冬夏，不提供任何洗用的溫水、熱水。

更為嚴重的是，由於禁閉室建在荒涼的郊外，根本無人考慮修繕，到處都是各類奇形怪狀的大小惡蟲，成群結隊，從下水道和水池裏鑽進鑽出，在軟包裝的牆壁裏蛀洞、作窩，在床鋪的縫隙和晾掛的衣服中藏匿，在洗漱用具、食物和被褥上亂竄，令人毛骨悚然。

在再三要求下，警察才給了一小塊藥皂用來防蟲。而塗抹於牆縫、地面的藥皂和後來噴洒的殺蟲劑，在酷暑的蒸發下和不通風的囚室裏，使人中毒，頭暈目眩，噁心想嘔吐，心跳急促，氣短胸悶，渾身癱軟，肢體發麻，站立不住等症狀。

半年多的關押使得莊偃紅身體狀況變得十分衰弱，出來後的二、三個月內，腎功能和腸胃功能極度低下，腰疼、頭暈、噁心、心慌、無力、走路像腳踩棉花一樣，每天只能極少量的進水、進食。體檢結果血壓、血糖均不正常。而且，反應遲鈍，記憶力減退，思維呆滯，時有中斷，語言表達不暢，足見精神和心理受到了嚴重的刺激和摧殘。

經數月學法煉功，莊偃紅才漸漸恢復到基本常態。