第一次進京上訪，孫玉珍被非法拘留15天後放回家。回家後鎮政府人員帶著邪悟者天天到她家騷擾，做轉化工作。他們沒達到讓她放棄修煉的邪惡目地，於是威脅她的家人說：「如果再不轉化就送馬三家勞教。」強迫她的家人對她施加壓力。後來街道上的曲美華和一名姓李的到她家把《轉法輪》給抄走了，在不公的對待下，孫玉珍又一次進京上訪。

當孫玉珍走到豐潤時，因無身份證被抓，被送到金州區看守所，又轉到大連教養院。在這期間邪惡之徒不讓孫玉珍睡覺，10多個惡人打她的頭，把她打暈，還強迫她轉化。整天圍著她說些邪惡的話。在被強迫下孫玉珍寫了「三書」，過後她知道自己錯了，於是她聲明自己要堅修大法到底。邪惡之徒又迫害她，不讓她睡覺，再強迫她轉化。他們把孫玉珍調到樓上進行迫害，多日後把她放回家。

2002年4月24日上午10點左右，登沙河派出所所長王健，領著四個警察闖入孫玉珍家，當時她正在學法，他們進門就把她的大法書搶走。當時孫玉珍不讓拿書，四個惡警把孫玉珍抬上警車。她只穿內衣內褲，還光著腳，拉到派出所後，被鎖在鐵椅子上，當天下午又被拉到金州區看守所。到那以後，在非法的對待下，孫玉珍開始絕食抗議。此時的看守所已綁架了30多名大法弟子，他們全部在絕食抗議迫害。

4月26日，有些大法學員被送到馬三家進行迫害。只剩下三個大法弟子留在金州區看守所。孫玉珍繼續絕食。第三天，惡管教劉紅叫兩個男犯人拖她去灌食，她不配合，她求師父加持拖不動，果然她躺在床上，他們就是拖不動。管教劉紅拿手銬把孫玉珍兩手背在後面銬上，手銬銬在肉裏，把手腕都銬腫了。他們拖她去灌食，她不張嘴，惡人們就用鐵鉗子鉗她的牙。當時牙鉗得咯咯響，他們說牙掉了。孫玉珍求師父加持，不能掉，結果把牙都鉗活動了，就是沒掉。在那裏惡人強迫灌食，灌食時管子來回插，管兒拔出來都帶著血。灌食帶有大量濃鹽，灌完後，嘴渴得受不了是可想而知的。又過三天，管教叫犯人拿來鐵架子把孫玉珍兩手、兩腳都銬在一起，直不起腰，但孫玉珍仍然絕食，他們就強迫灌食。這樣的姿勢使得孫玉珍不能睡覺，都靠同修照顧，這樣過了11天，犯人把她從鐵架子上放下來。

過了幾天，邪惡之徒又叫孫玉珍穿帶有看守所字樣的馬夾，她不穿。管教劉紅又拿手銬將她的手背在後面銬上。孫玉珍胳膊短，銬上以後非常疼痛，整夜不能躺，不能睡。其他的大法學員輪流來照顧她。第二天早上，邪惡之徒還是不放她，當時她已窒息。這時管教劉紅來了，看她真的不行了，害怕擔責任，才給她打開。當時孫玉珍哆嗦成一團，氣一口一口往外出。劉紅叫來獄醫給她檢查身體，發現她血壓升高170，被迫害得又吐血又便血、便膿。管教劉紅說：「你再絕食給你送去教養院。」孫玉珍沒有被嚇倒，還是堅持絕食。

又過了幾天，他們又叫她穿馬夾，她又不穿，管教劉紅又拿來了手銬把她手背在後面銬上，她又遭了一夜罪。第二天，他們還是不放，孫玉珍痛得大叫，號長看不下去，叫獄醫拿鑰匙把她手銬打開，又銬在前面。直到6月6日下午他們叫孫玉珍收拾東西放她回家。臨走時，他們才給她手銬打開，此時孫玉珍已絕食44天，最終無條件釋放。