2000年因去北京上訪被抓回後拘留15天（金昌市拘留所），並被罰款9997元說是去北京接她的三個人的費用。經本人力爭後才退回1000元。在當時的壓力下丈夫被迫與她離婚。學校也不讓她給學生上課，讓做飯、幹粗活，每月工資只給200元，沒有住房只好在農村租了一間暫住。有關方面找她談話表示，只要說不煉就給她補發工資，給樓房，並恢復工作。這些都沒有改變她對法輪大法的信念。

2002年8月因散發法輪功真象資料被抓。在金川區公安局被「人民警察」施以「老虎凳」等酷刑折磨，後被非法勞教兩年，關押在甘肅省第一勞教所平安台七大隊二小隊。在勞教所又被毒打、吊背銬進行強迫轉化，因承受不住折磨而違心轉化。後來表示反悔，警察又開始對她進行折磨，在外面罰站1個月不讓進屋睡覺，逼她寫「悔過書」，而她堅決不寫。「警察」就進行毒打折磨，胳膊、腿都被打斷，於2002年11月29日終被折磨死。據說死時體內大量出血，包括肋骨、盆腔都被打骨折。

公安為掩蓋罪行，也不通知家屬直接將遺體火化，然後立即把幾個兇手調離原單位。侯有芳的母親到現在都不知道自己的女兒已經慘死在「人民警察」的手裏。