第二階段從4月25日到5月8日是在第一階段進行的同時，邪惡之徒組建一個所謂的「轉化」中心，將11名大法學員關入其中，採取兩個邪悟者包夾一名大法學員，三人同居一室的方式，後因「非典」 疫情不得不草草收場。第三階段從5月8日至今，又恢復成第一階段的隔離囚禁方式，時間長達近3個月，在整個過程中，邪惡所採用的辦法就是先偽善地同大法學員交流來逐漸散布它們的謊言，進而又無賴式的糾纏不休。一旦大法學員識破其真正面目，進行揭露或抵制時，它們就撕下偽裝，露出凶殘面目，拋出「強制轉化」、「延長勞教期限」等進行恐嚇威逼，給大法學員造成很大心理壓力。一旦有大法學員絕食抗議抵制，就會遭到進一步的肉體迫害。但大多數正念正行的大法弟子不為所動。目前仍有5～6名大法學員處於迫害之中。現在新被綁架來的大法學員全部先被劫持到小班單獨隔離，聲明重新修煉的學員也都被單獨隔離嚴管。

以下是大法弟子瞿飛於今年三月剛被綁架到教養院時被迫害的過程：
剛開始與替隊長做所謂「轉化」工作的人員交談，期間一名叫時廣大的人用布鞋抽打瞿飛臉和頭部，臉被打腫了。過幾天惡人楊立新、韓法玉、宋書武對瞿飛進行了又一次迫害。其中宋書武用鞋底子不停地抽打瞿飛的嘴，打累了就歇會兒，而楊立新從床墊子上抽了一根草棍，往瞿飛耳朵裏插，插進去足有4～5釐米，接著宋書武也拿了一根草棍捅瞿飛耳朵，楊立新又用拳頭打瞿飛的大腿關節處，宋書武也跟著打，並說：「你死了得了，教養院死幾個又能怎樣。」當晚瞿飛臉、嘴全腫了，話說不了，飯吃不了。接著大隊長郭鵬又安排四防班長劉豐良處理，劉伙同四防良長勝用木板打瞿飛，又換大木板打瞿飛臀部（褲子脫了），最後瞿飛還是堅持不說假話，不違心寫三書，就被送進班裏。

大法弟子石月利被迫害經過：
5月初，石月利因立掌發正念被隊長李××騙到嚴管班，進屋後，隊長出去了，帶來4～5個四防人員，高永平、李利昌等衝上來將老石的腳綁在椅子的腿兒上，雙手背銬在椅子背上，頭用四層床單蒙住，怕他喊叫，然後拿電棍電了一陣子，看不解氣，又用橡膠棒從腳下到頭頂打了個遍。幾個四防打累了隊長景殿科說：「我非把你打轉化了不可；你不是煉功不喝酒嗎？今天我就給你灌二兩酒。」然後，四防拿板子將老石的牙撬開，由於老石不服從，左下牙被打掉了一顆，血流不止。但是邪惡兇手並沒住手，繼續灌酒，在灌酒過程中，白酒嗆入氣管不出時，老石昏死過去，等老石醒來時發現，大隊長劉中科、景殿科和四、五個四防正在忙活，有的掐人中，有的打嘴巴，一看他醒了，才鬆口氣，然後才將他雙手銬在床上，足足躺了兩個多月，此期間四防多次毆打他，不讓他睡覺。兩個多月下來，老石已經不能走路，都是被別人摻著勉強走幾步。後來被分到二班繼續迫害。

清華大學畢業生張勇今年3月份在大連教養院被迫害經過：
張勇在八大隊被宋書武用馬札子往頭部打，用鞋底子抽，並於3月28日被吊銬。

大法弟子林繼珠也在三、四月份被綁架到教養院，被周鳳武、韓德玉等殘酷毆打，仍堅持信仰「真善忍」。