1999年7月20日，蘭州公安非法抓了4名大法學員，於進芳同其他功友到省政府辦公廳，要求無條件放人，結果被非法關押半年，單位還非法停發他每月的病養金（400元）。直到2000年1月20日他才被釋放。

2000年底，於進芳衝破層層封鎖進京上訪，在北京東關村住處被惡警非法綁架，遭毒打。惡警用高壓電擊他的面部，致使他滿嘴都是大泡。他被非法關押在東關村看守所二十天後，被押回蘭州，在桃樹坪看守所又被非法關押15天。

2001年11月26日，深夜，蘭州惡警出動二千餘人追捕大法弟子袁江，於進芳家被惡警破門而入。12月11日下午3點，蘭州市城關區公安一處路志斌帶十幾名惡警再次闖入於進芳家，抄了於霞（三女兒）家，非法綁架了於進芳、妻子夏付英（59歲）及家中不修煉的三女兒、女婿、保姆，並查封了於霞的民宅。妻子夏付英二日後被放回。女兒、女婿則被非法關押迫害三日，勒索1000元後才放回。

於進芳當日被綁架至甘肅榆中縣看守所，受折磨十幾天，身體受到摧殘，惡警通知家人說他“胃出血”住院（蘭州大沙坪勞教康復中心醫院）。於進芳不配合邪惡，曾絕食抗議幾天，惡警還把他捆在鐵床四天四夜拷問。2002年4月，於進芳出院，公安一處經辦人逼迫家人交4000元，因家中無錢，女兒們交了2000元，單位代交了2000（後從夏付英工資中扣出）。之後，於進芳被非法關押在蘭州市大沙坪看守所兩個月，直到2003年6月。在牢房過著非人的生活，睡的是陰暗潮濕的地鋪，導致全身長滿了疥瘡，體無完膚，全身流的膿血。受迫害二個月來，持續發高燒不退，臥床不起，不能吃不能喝，在生命垂危的情況下，看守所下屬衛生所才被迫通知他女兒。2003年3月於進芳在多人的攙扶下，女兒交2000元給蘭州大沙坪勞教康復中心醫院後，才住了院。不到一個月又被看守所押回迫害，在家屬多次要求下，又被勒索4000元後，方才轉入醫院，至今住院三月有餘，於進芳仍受迫害，沒有康復。

三女兒於霞的住房惡警至今不予歸還，致使其一家人無家可歸，流離失所。

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