勞教所組織了由六隊指導員顧建海、副大隊長寧濤、田虎負責，挑選了幾名多次勞教過的「老改造」馬德海等犯人充當打手，組成所謂的「轉化工作小組」，他們的「轉化工作」就是體罰、毒打、電擊、威逼利誘。新被綁架入所的大法弟子徐健、王建平、蔡文旭等就在入所的頭一個多星期裏多次遭到馬德海、牟江等打手們的毒打、折磨，大法弟子陳玉疆被副大隊長田虎指使的幾個值班勞教犯人毒打致傷，胸部咳血，早晨起床都十分困難，連續疼痛幾個月。大法弟子麻巨軍、柳岸紅等也遭到過惡警及勞教犯人打手的毆打。

2001年11月25日，由於一個叫卡米力的勞教組長又在工房毆打大法弟子劉宇霖，致使多名大法弟子一起站出來表示抗議，並要求向勞教所反映情況。聞訊趕來的管教科長張彥不問事由，氣勢洶洶地說要槍打出頭鳥，將劉宇霖拉進辦公室毆打、電擊。勞教所政委朱XX趕來後，又下令將站出來抗議的大法弟子分散，進行逐個鎮壓，還給大法弟子按上「哄所鬧事」的罪名。因為這次集體抗議，使以前被迫寫了「悔過書」的三名大法弟子又清醒過來，重新走上修煉的道路，使勞教所所謂「轉化」工作徹底失敗。惡警又氣又恨，將劉宇霖、趙愛軍、麻巨軍、柳岸紅等7人分別非法加期100天和120天不等，並將大法弟子麻巨軍、柳岸紅銬在床上折磨達4個月之久。

2002年9月，由於一隊指導員毆打大法弟子劉志軍、崔桂林，致使大法弟子崔桂林在升旗時表示抗議，五隊、六隊一些大法弟子也站出來抗議，勞教所立即進行鎮壓，從四隊、九隊調來3名惡警（陳江等），對大法弟子郭樹岩、鐘凱等進行毆打、電擊，並將大法弟子趙愛軍銬在地上20多天，大法弟子宋巨莊、陳玉疆也遭到毆打。

在一次電視台記者來採訪時，大法弟子陳玉疆因說了一句「你們一定要真實報導啊」，在記者走後，管教科長張彥就將陳玉疆拉進辦公室電刑拷打。由於勞教所執法違法的事幹得太多了，他們就更加害怕被外界知道。在有檢查團、參觀團來時，就將大法弟子們藏起來，不讓大法弟子們與這些人見面，並且數月不讓大法弟子與家人見面。

在昌吉勞教所這個全疆唯一的所謂「部級文明勞教所」，沒有身在其中經歷過的人根本無法想像這裏警察的卑劣和腐敗，僅舉其中幾例：有的警察受賄後給勞教犯人代買白酒、啤酒，並與他們一起喝的醉醺醺的。有的隊領導專門找幾個勞教組長替他們敲詐勞教犯人的錢財，每次少則一、二百，多則四、五百，長期給他們上貢。在他們的默許下，海洛因、麻煙也時常能帶進來，致使在有些大隊吸毒成風。有的隊領導本人也吸毒，並發生將妓女帶進其宿舍留宿的事。在勞動任務較重的大隊裏，勞教犯人被迫進行超負荷工作，一般每天十六、七個小時，活緊時有的人一個星期都回不了宿舍睡一次覺。由於過度疲勞，手慢或出錯而完不成任務的，就會被組長毒打，被警察用多根電棒電擊，有的勞教犯人被組長毒打至吐血，其殘忍與黑暗可見一斑。