何祚庥曾公開提出，要警惕「台獨」、「藏獨」等和法輪功合流，昨天他參加中共全國政協閉幕會，在記者追問下，他說，所謂「台獨」和法輪功合流，原來只是因為看見副總統呂秀蓮參加法輪功的集會，會見法輪功代表；他強調，給錢的事，是「非正式消息」，如果有證據，或者知道金額，他的嗓門還會「更大一點」。

他說，從兩岸友好來看，台灣不宜支持法輪功這類「反對中央人民政府的組織」，對於台灣有言論、宗教和練法輪功的自由，法輪功也沒有違反台灣任何法律，或學員練功出問題，何祚庥說：「走著瞧吧，將來就知道了，肯定會有。」

何祚庥在政協會議期間發起針對法輪功的非法律性提案，建議香港政府處理法輪功。他說，能理解香港社會對法輪功有兩種意見，處理起來有一定難度，如果港府不處理，他還會再提案。他這次提案才提出十幾分鐘就有三十多人附議，在他節制下，提案人數才沒有增加。

聯合報記者彭威晶、徐國淦台北報導-針對中共政協委員何祚庥指稱台灣方面對中共法輪功提供資助，呂秀蓮副總統辦公室主任蔡明華昨晚指出，呂副總統是基於關心人權的態度，才「低調」參加法輪功在台灣的活動，如果將此事扯上「資助」，完全是無稽之談。

台灣法輪功研究學會理事長、台大教授張清溪昨晚直覺反應是，「簡直胡說八道」。他強調，無論是台灣政府或學會都不可能提供金錢資助大陸法輪功。