由於殫精竭慮地鎮壓異見分子，尤其是有組織的異見分子，中國政府本已不佳的人權記錄在這一年中顯著惡化。始於1998年秋季的對反對黨的鎮壓，在本年度進一步擴大和加劇。到年底為止，幾乎所有主要的中國民主黨的領導未經正式審判而被判長期徒刑或處以監禁。全國範圍內僅剩個別異見人士敢於公開活動。

法輪功精神運動7月份被禁後已有數以萬計的成員被監禁。12月底數名法輪功領導被判長期徒刑，整個秋季數以百計的法輪功成員被行政判處勞動教養。據報導，中國政府在年底開始將一些法輪功追隨者拘禁在精神病院。

中國政府繼續大範圍地進行違反國際準則的、有據可查的侵犯人權的活動。其主要根源在於中國政府對針對其本身的公眾異見人士極其有限的容忍度，對騷亂的恐懼，及範圍有限或不能有效地實施保障基本自由的法律。

中國憲法和法律保障最根本的人權，但是這些保障在實施中經常被忽略。侵犯人權的方面包括超越法律賦予權限的致死，對犯人的拷打、虐待，逼供，任意逮捕及監禁，長期與外界隔絕的監禁，以及不履行正當法律程序。絕大多數監獄的條件依舊嚴酷。在很多案件，尤其是敏感的政治案件中，司法系統不給刑事被告基本的法律保障及履行正常的司法程序，因為官方認為維護公共秩序和壓制政治異議比履行法律準則更為重要。中國政府侵犯公民的隱私權。中國政府加緊了對言論自由及新聞自由的限制，並增加了對國際互聯網的控制，新聞工作者的內部審查也隨之加強。中國政府嚴格限制集會自由，並繼續限制結社自由。中國政府繼續限制宗教自由，並加強對未註冊教會的控制。

中國政府繼續限制活動自由。中國政府不允許國內獨立的非政府組織(NGOS)以公開形式監督人權狀況。對婦女的暴力，包括強迫性計劃生育措施--有時包括強制流產及強制絕育，賣淫，歧視婦女，買賣婦女兒童，虐待兒童，歧視殘疾人及少數民族方面均存在問題。中國政府繼續嚴格限制工人權益，監獄中的強制性勞動仍然是一個嚴重的問題。童工現象持續。嚴重侵犯人權現象在少數民族地區仍然存在，尤其在西藏和新疆，對宗教和其他基本自由的限制加劇了。

法輪功(又稱法輪大法)，……，李洪志於1998年離開中國。中國政府估計法輪功有210萬成員，而法輪功成員估計有1億學員。一些專家估計法輪功學員的真正數目應有幾千萬。法輪功不認為自己是宗教，沒有正式工作人員和禮拜場所。

4月25日，1萬多法輪功成員聚集在中南海前，抗議政府拘留一些法輪功修煉者並尋求政府對其合法性的認可。這麼多有組織的抗議者的突然出現使中國政府大為吃驚，然而仍允許這和平的抗議持續了12多小時，並公開宣稱法輪功不是非法組織。4.25事件之後，中國政府認為法輪功對其穩定構成威脅。6月份法輪功成員不顧中國政府警告其擾亂社會安定或大規模聚集，繼續在全國各城市中抗議。7月22日，中國政府宣布法輪功為非法，並開始全國範圍的鎮壓活動。在全國範圍內，數以萬計的學員被圍堵，並接連幾天拘留在露天體育場裏，那裏經常過度擁擠，條件惡劣，沒有足夠的食物，水和衛生設備。拒絕放棄他們信仰的成員被開除學籍或解雇工作。被拘禁的成員當中有的是政府官員和中共黨員。一些法輪功負責人被迫在全國電視節目上表態與法輪功斷絕聯繫。另有報導說，公安部禁止租房給法輪功學員；如果管轄範圍有太多法輪功學員抗議，東北的地方政府官員和機構領導被招進北京或被解職。

除了拘捕法輪功修煉者以外，政府還於7月展開了大規模反對這一組織及其領袖的宣傳運動。（見2.a節）

作為鎮壓法輪功的一部份，政府沒收並銷毀了上百萬的法輪功書籍，這些書是從書店和家庭中大規模的收繳來的。一個由吉林省電腦工程師張海濤（音譯）設計維護的法輪功網站於７月２４日被政府關閉，（見1.f節），張自己報告說他於７月２９日被捕。遼寧省丹東市的警察報告說，他們逮捕了一家工廠的老闆和６名工人，因為他們印製被禁的法輪功書籍。１０月２８日，一些法輪功練習者為外國記者舉行了一個秘密的記者招待會，會上，他們描述了警察們不斷升級的騷擾和身體上的虐待。據報導，參加的練習者中有很多事後被捕。有關部門質詢了一些參加招待會的記者，並臨時沒收了他們的記者證和居住許可證。

儘管鎮壓很殘酷，法輪功抗議政府鎮壓的活動在全國各地從夏天到秋天一直不斷。當權者反映很快－終止抗議（有時採用暴力），並逮捕示威者。九月，一家政府媒體報告了一樁對１９名法輪功學員的突襲行動，其中五人正式被捕。九月中旬，一非政府組織報告說，在一週之內，至少３００名法輪功練習者在９個城市被捕。十月下旬，由於全國各地的法輪功修煉者彙集北京，抗議和拘留的頻率有所增加，他們在天安門廣場舉行了一系列和平的有節制的示威活動，抗議人大常委會當時正在醞釀中的一項新的反邪教法案。

由於廣場上大量巡視的警察人數增多，警察旁問行人，只要誰一承認或表現出自己是一個修煉者，馬上就會被逮捕，所以大多數的抗議規模很小，為期甚短。在有些天，很多修煉者被逮捕，原因是他們結成小組進入廣場進行抗議。在１０月最後一週，一位共產黨的官員告訴外國記者，在北京地區有３０００名來自國內其他地區的非北京居民在警方的突襲中被警方拘留。１１月１６日在聯合國秘書長科菲安南(譯音)訪問北京期間，十多名打出法輪功旗幟的修煉者在天安門廣場被強行拘捕。１１月３０日，據報導副總理李嵐清在對共產黨員的講話中說，從７月２２日到１０月３０日有３５，０００名法輪功修煉者被當局拘留。（當局晚些時候澄清李的講話時說，這一數字代表了參加對抗的法輪功學員的總數，並指出許多人被警察多次記數。）

當局也拘留了國外修煉者。例如，１１月２４日，４名國外法輪功修煉者和其他修煉者在廣州一起被拘留。幾天後，外籍學員被釋放並驅逐出境；同他們一起被捕的中國公民仍在拘留所中。１２月１５日，３名有外國居住權的中國人因為探望其他法輪功修煉者而在深圳被拘留；他們被判以１５天的行政拘留。

據可靠消息，有些修煉者因不願放棄自己的信仰在拘留中被打，甚至被打死；根據國際大赦組織，一些修煉者還遭到電棍的拷打，手腳被帶上鐐銬，並用鐵鏈連在一起。（見１．ａ和１．ｃ部份）在１０月份，一個法輪功的網站報導說，山東省的一名法輪功修煉者，趙金華，在警方的拘留所中被毆打致死。官方媒體報導說趙在拘留期間死於心臟病發作。１０月２７日，黑龍江省警方稱８月在警方拘留期間死亡的一名１８歲的法輪功修煉者陳英（音譯）是因為跳火車而死。趙東（音譯）據說也在警方拘留中跳過火車，據報導他於去年９月底在死亡。

儘管被拘留的大多數普通的法輪功修煉者後來被釋放了，然而對被當局認為是領導者的修煉者卻進行了更加嚴厲的打擊。１０月２５日的官方媒體報導說至少有１３名法輪功領導者以竊取和泄漏國家機密罪而被判刑。１０月３１日一新的反邪教法被通過，該法指出「擾亂公共秩序」或散發出版物的邪教成員將被判處３至７年的徒刑。在新法律下，邪教領袖和輔導員可能被判以７年或７年以上的徒刑。１１月３日，當局用這一新法律宣判了６名法輪功領導者，其中有些人其實早於７月已被捕。１１月８日，政府證實有１１１名法輪功修煉者被判有重刑，其中包括但不限於，擾亂社會秩序，竊取國家機密。政府還發出了逮捕法輪功領袖李洪志的通緝令，並要求國際刑警組織在拘押上予以合作。國際刑警組織拒絕了這一請求，基於其本質上是一個政治問題。

據報導，許多未被正式逮捕的修煉者，在未經審判的情況下，被行政判處最長達３年的勞動教養。例如，據報導，１０月１２日，當局以「擾亂社會秩序」罪判處５名法輪功修煉者１年的勞動教養。以這種方式判刑的人的確切數字不得而知，但在中國的香港人權民主運動中心報告，至少５００人被判勞動教養。年底，據一些報導，政府開始把一些法輪功學員關在精神病院。

一些法輪功領導者在年底被審判。１２月２６日，４名法輪功修煉者在北京法院被判刑，罪名是利用邪教擾亂公正，在組織邪教的過程中致人死亡，及非法獲取國家機密。李昌，原公安部官員，被判１８年監禁；原鐵道部官員王治文被判１６年監禁。另兩名法輪功高級成員，紀烈武、姚潔分別被判１２年和７年監禁。據一國際人權組織報導，司法部要求有意為法輪功辯護的律師需得到政府的許可。

另據報導，與法輪功無關的氣功團體也已經遭到不斷增加的騷擾，尤其是７月份法輪功被禁之後。據報兩個這種團體的領袖已被捕，政府還禁止氣功在公共場所及政府財產處煉功。這已給許多氣功練習者，如果不是全部的話，製造了一種不安全的氛圍。