生命產生前在分子水平上的進化(PREBIOLOGICAL EVOLUTION)被稱為化學進化。完整意義上的進化論，不僅要回答生命產生後的生物進化過程，而且還要解決生命物質是如何產生的問題。即怎樣由簡單，無機的小分子進化到複雜，有機的大分子，進而產生生命體。但這個問題被進化論者們故意地迴避了。
《DARWIN"S BLACK BOX》一書的作者BEHE教授，對數種有關進化分子生物學的學術期刊(包括JOURNAL OF MOLECULAR EVOLUTION，PROCEEDINGS OF NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES等權威雜誌)，近十年來所發表的上千篇文章的研究表明，在這方面的進行的工作是零。化學進化被迴避的原因很簡單，是因為進化論者根本無法回答。流行的觀點認為，原始地球擁有還原性大氣，含有氮，氫，硫化氫等成份，不含或含少量的氧。大氣放電經常發生，原始海洋中水溫較高，並有頻繁的地質活動，如地震，火山噴發等。基於這種觀點，1951年STANLEY MILLER進行了著名的「原始湯」(PREBIOTIC SOUP)實驗，他在一個燒瓶中模仿原始地球的環境，用氣體放電模擬雷電。實驗結束後，在產物中分離到了氨基酸，這個結果轟動了科學界。但更多的問題暴露後，樂觀主義漸漸消失了。我們僅舉兩例，說明他們的困境。
(一)化學選擇性
所有生物大分子結構均表現為空間上的有序，蛋白質分子除了特定氨基酸的連接外，還能形成2-螺旋(HELIX)；BETA-摺疊(SHEET)等二級結構；結構域(STRUCTURAL DOMAIN)等三級結構；直至形成四級結構---亞基(SUBUNIT)。雙鏈DNA分子由兩條單鏈組成，除單個核甘酸的連接與氫鍵作用外，還能形成雙螺旋和超螺旋(A-DNA；B-DNA；Z-DNA等)，所有這些結構都與該大分子的功能緊密相聯。一旦這些結構遭到破壞，該大分子就會失活，所以生物體在合成生物大分子時表現出極高的精確性。
假設第一條具有生命功能的多(月太)鏈出現在原始海洋中，其序列為A，B，C...(A，B，C...代表天然的人體所需的二十種氨基酸)。其形成的必然條件是：
(1)A，B，C...等具有足夠的濃度，這樣A，B，C分子才有可能相遇而發生反應。
(2)從氨基酸形成多(月太)的反應是縮聚反應，每步反應會生成一分子水，從化學平衡的原理看，反應需要脫水劑，否則水將抑制該反應。
(3)假設A與B的結合是隨機的，而結合C時是選擇性的，按熱力學原理，這是一個(火商)減的反應，必須得有外界能量的輸入。如果以上三個條件全部成立，那麼C到底是由甚麼因素決定而被選擇的呢？進化論者只能回答：絕對的隨機。但在自然環境中，上述三個條件決不可能同時滿足，這個隨機過程缺乏先決條件。另外，從科學哲學的角度來看，進化論者的答案是不可能被證偽的(FALSIFIABLE)，而且在經驗世界中是不可檢驗的。
BEHE教授在談到這個問題時舉了一個形像的例子，他認為，蛋白質絕對隨機，自然地產生，就如同一個人指望把熱水，雞蛋，麵粉，糖和可可粉隨機放在一起就能產生一個巧克力蛋糕一樣荒唐。
(二)光學選擇性
生物世界是一個不對稱的世界，如果你注意觀察過你的手，你會發現左右手在空間上無法完全重合，但左手和右手的鏡像卻能重合。在化學中這種現象被稱之為「手性」(CHIRALITY)，幾乎所有的生物大分子都是手性的。比如，組成人體的糖類一般是右旋的，而構成蛋白質的氨基酸都是左旋的。而左旋的糖和右旋的氨基酸，幾乎不能被人體利用。一般認為，在非手性的環境中不能產生手性化合物，而只能產生外消旋體，即等量的右旋和左旋體構成的混合物。現代不對稱合成化學通常採用最昂貴的手性催化劑，才能使反應按照人所期望的方向進行，得到單一的手性化合物。在MILLER的實驗裏，所有得到的氨基酸都是外消旋體。假如還用前文所舉的例子A-B-C...序列，又是誰選擇了左旋的氨基酸呢？眾所周知，最簡單的蛋白質是胰島素--51(月太)，那麼由自然界隨機地從二十種天然外消旋體中選擇合成一個51(月太)，得到全部由左旋氨基酸構成，具有生物活性的胰島素分子的幾率有多大呢？簡單的數學計算可以證明是(1/40)的51次方。而在實踐中，其幾率是零，根本就不可能發生。MILLER的實驗帶給進化論者的並不是福音，而是更加劇了其深刻的危機。
進化論發展至今，已經走入了死胡同。它認為人類由偶然中產生，進化即無目的又無方向。進化論者已變成狹隘，自負的信仰者，喪失了科學的探索精神，甚至拒絕對任何進化論體系外的現象進行觀察和研究。他們認為科學是研究存在和獲取知識的唯一途徑，凡是現代科學無法證實的，無法研究的，都是不真實的，進化論就是絕對的真理，他們把自己封閉在一個小圈子裏，不願向外邁出一步。CORNELL大學的WILLIAM PROVINE就斷言，根據進化論的結論，人只是複雜的生物機器，沒有任何特殊的意義。道德，信仰都不存在，也沒有任何自由意志，這完全回到了十九世紀的機械唯物主義，是人類思想的重大倒退。可悲的是，這是信奉進化論的必然結果。
從科學史上看，固步自封只能加速舊體系的崩潰。如今，人類已經步入一個新的世紀，只要人們勇於打破固有的觀念與框框，新科學的曙光一定會升起在地平線上。